صدر ترخيص إنشاء قسم هندسة الاقتصاد الزراعي في جامعة كردستان عام 2006 من قبل وزارة العلوم والبحوث والتكنولوجيا، وتأسس على إثره قسم الاقتصاد الزراعي في كلية الزراعة. في خريف العام نفسه، تم قبول الدفعة الأولى من طلاب البكالوريوس بواقع 35 طالبًا في البرنامج الصباحي. ومنذ ذلك الحين، يتم قبول حوالي 25 طالبًا سنويًا في هذه المرحلة. كما بدأ قبول طلاب الماجستير في خريف عام 2009، ويتم سنويًا قبول ما يقارب 8 طلاب في تخصصات "السياسة والتنمية الزراعية"، و"اقتصاد الإنتاج وإدارة الوحدات الزراعية"، و"تسويق المنتجات الزراعية"، و"اقتصاد الموارد الطبيعية والبيئة"، وذلك بناءً على حاجة أعضاء هيئة التدريس. في عام 2021، تم الحصول على ترخيص لقبول طلاب الدكتوراه في تخصص "اقتصاد الإنتاج وإدارة الوحدات الزراعية" بنظام الأستاذ المشارك، وتم قبول الدفعة الأولى من طلاب الدكتوراه في العام الدراسي 2022-2023. علاوة على ذلك، للعام الدراسي 2024-2025، تم الحصول على ترخيص لقبول طلاب الدكتوراه في تخصص "تسويق المنتجات الزراعية" بنظام الأستاذ المشارك، وقد تم قبول الطلاب في هذا التخصص أيضًا.