تأسس قسم هندسة النظم الحيوية في عام ٢٠٠٧م بكلية الزراعة في جامعة كردستان، وكان يُعرف في البداية باسم "قسم هندسة ميكانيكا الآلات الزراعية"، حيث بدأ بقبول الطلاب في مرحلة البكالوريوس. في عام ٢٠١٢م، ومع إطلاق برنامج الماجستير، اتُخذت الخطوات الأولى نحو تطوير الدراسات العليا وتعزيز الأنشطة البحثية للقسم. بالتزامن مع التغييرات الواسعة في المناهج الدراسية للتخصصات المتعلقة بالآلات الزراعية، تم تغيير اسم القسم إلى "هندسة النظم الحيوية" في عام ٢٠١٣م. وفي عام ٢٠٢٥م، بدأ القسم في قبول الطلاب لمرحلة الدكتوراه. حاليًا، يقدم القسم برامج البكالوريوس في تخصصي "الهندسة الميكانيكية للنظم الحيوية" و"هندسة آلات الصناعات الغذائية".
وفي مرحلة الماجستير، يقدم تخصص "الهندسة الميكانيكية للنظم الحيوية" بمسارات "تصميم الآلات الزراعية"، و"تقنيات ما بعد الحصاد"، و"الطاقات المتجددة". أما في مرحلة الدكتوراه، فيتم تدريس الطلاب في مسار "تقنيات ما بعد الحصاد". تشمل الأهداف متوسطة المدى للقسم تطوير تخصص الهندسة الميكانيكية للنظم الحيوية لقبول طلاب الدكتوراه في مساري "التصميم والتصنيع" و"الطاقات المتجددة"، بالإضافة إلى استقطاب الطلاب الدوليين في مرحلتي البكالوريوس والماجستير. يضم القسم حاليًا ٩ أعضاء هيئة تدريس، و٢٠ طالب ماجستير، و٢٥٠ طالب بكالوريوس، كما أنه مجهز بستة مختبرات بحثية نشطة وخمس ورش عمل تعليمية.
تتركز الأهداف البحثية لقسم هندسة النظم الحيوية على دمج وتطوير التقنيات الهندسية الجديدة في القطاع الزراعي. ويتمثل الهدف الرئيسي للقسم في تمكين المزارعين من تحقيق الزراعة المستدامة في المناطق الريفية. ومن الأهداف الأخرى إعداد متخصصين في تصميم وتحسين الآلات الزراعية، وتطوير الزراعة الدقيقة، وتصميم وتنفيذ أنظمة الطاقة المتجددة، وتقنيات ما بعد الحصاد، وتوظيف العمليات الحيوية وأجهزة الاستشعار في النظم الزراعية والبستانية والحيوانية.
​​​​​​​ تشمل موضوعات البحث تصميم وتصنيع الآلات الزراعية، وتكييف تقنيات ما بعد الحصاد مع الصناعات الغذائية، والاستفادة من الطاقات المتجددة في المناطق الريفية. يتم تدريس الطلاب تقنيات العلوم والهندسة، بما في ذلك مقررات في الميكانيكا والكهرباء وعلوم الحاسوب وهندسة الأغذية، لإعدادهم للعمل في مختلف الصناعات.