إنتاج المحاصيل البستانية الصحية والعضوية: نظرًا للاستخدام المفرط للمبيدات والأسمدة الكيماوية، يتمثل الهدف الأساسي في هذا المحور في تحسين ظروف زراعة الفراولة وأشجار الفاكهة من خلال تحديد التراكيب السمادية المثلى، والاستفادة من الأسمدة الحيوية مثل البكتيريا المفيدة في تثبيت العناصر الغذائية الأساسية (كالأزوتوباكتر)، بالإضافة إلى استخدام الأسمدة العضوية (مثل حمض الهيوميك).
زيادة إنتاجية المحاصيل البستانية عبر تعزيز مقاومتها للإجهادات البيئية: تُعد أزمة ندرة المياه أحد التحديات الرئيسية التي تهدد إنتاج العديد من الفواكه في محافظة كردستان، وإيران، وعلى الصعيد العالمي. ومن أهم الأهداف البحثية لقسم علوم البستنة لمواجهة إجهاد الجفاف، خاصة في العنب والفراولة، تحديد الأصناف المقاومة، وتطبيق المعاملات السمادية المناسبة، وتحديد أفضل أنظمة الري والتسميد. من ناحية أخرى، أدى ارتفاع نسبة الأملاح في التربة والاستخدام المفرط للأسمدة الكيماوية إلى ملوحة التربة، مما قيّد إنتاج العديد من المحاصيل البستانية. تتضمن الرؤية المستقبلية للقسم تحديد الأصناف المقاومة للملوحة ودراسة استخدام المركبات المفيدة مثل سيليكات البوتاسيوم للحد من الأضرار الناجمة عن الملوحة. كما يمثل الصقيع المبكر في الربيع والمتأخر في الخريف تحديًا كبيرًا يواجهه المزارعون، حيث تتأثر به أنواع مثل المشمش واللوز والجوز بشكل كبير. ومن الأهداف البحثية الرئيسية للقسم تحديد الأصناف والأصول المتأخرة الإزهار والمقاومة للصقيع، والتي تنمو بشكل طبيعي في المحافظة، واستخدامها في برامج التربية لإنتاج أصناف جديدة مقاومة.
إنتاج مواد إكثار خضرية خالية من الأمراض والفيروسات: نظرًا لأن معظم أشجار الفاكهة والفراولة يتم إكثارها لاجنسيًا (بالعقل والتطعيم)، فإن العديد من البساتين في إيران مصابة بأمراض مثل اللفحة النارية والتقرح. وقد بدأ قسم علوم البستنة دراسات في ظروف الزراعة النسيجية (in-vitro) لإكثار أصول سليمة وخالية من الأمراض والفيروسات، ويُعد إنتاج هذه المواد من الأولويات البحثية المستقبلية للقسم.
 تطوير تراكيب غذائية للزراعة المائية للفراولة: تُعد الفراولة محصولًا ذا قيمة اقتصادية عالية، وتعتبر الزراعة في البيوت المحمية إحدى طرق إنتاجها خارج الموسم. وقد انتشرت اليوم الزراعة بدون تربة (Soilless Culture) في العديد من البلدان. وبامتلاكه بيتًا زجاجيًا بحثيًا مخصصًا للزراعة بدون تربة، بدأ قسم علوم البستنة بجامعة كردستان أبحاثًا حول تراكيب سمادية متخصصة للفراولة. ويأتي على رأس أولويات القسم البحثية تحديد التركيبة الأكثر فعالية للمحلول الغذائي لتحقيق أقصى إنتاجية وأفضل جودة في أصناف الفراولة المختلفة (مثل باروس، وكوين إليزا، وديامانتي، وأروماس، والصنف المحلي "كردستان")..

تشمل المشكلات المتعلقة بمرحلة ما بعد الحصاد للمنتجات البستانية قضايا مثل عدم التدريج، والتخزين والتعبئة غير المناسبين، والمعالجة غير العلمية، والنقص في فهم طبيعة المنتج ومسببات تلفه. ولتحقيق الأهداف العليا لقطاع البستنة، المتمثلة في تقليل الفاقد الزراعي وضمان الأمن الغذائي، من الضروري تطبيق معاملات مناسبة، وزيادة الوعي بخصائص المنتج، وتحسين ظروف التخزين، وتطوير عمليات التصنيع، وتحديد أسباب التلف، وتنفيذ عمليات التدريج والفرز بشكل صحيح. يُعزى تدهور الجودة والفاقد في الفاكهة بعد الحصاد بشكل أساسي إلى عوامل مثل فقدان الماء، والأضرار الميكانيكية، وليونة الأنسجة، والتغيرات الكيميائية، وعدم اكتمال النضج، والتلوث الفطري، وأضرار التبريد.
وضمن الرؤية المستقبلية لقسم علوم البستنة، ستركز الأولويات البحثية الشاملة في مجال تقليل الفاقد في المنتجات البستانية على المحاور التالية:

 

تُعد محافظة كردستان والمناطق الغربية من إيران من المراكز الهامة للتنوع البيولوجي النباتي، حيث استخدم سكان هذه المناطق العديد من هذه النباتات كمصادر للغذاء والدواء على مر العصور. إلا أن عمليات الجمع غير المنظمة والمفرطة من البيئات الطبيعية تهدد بانخفاض أعداد بعض هذه الأنواع القيّمة، بل وانقراضها في المستقبل القريب. علاوة على ذلك، لم يتم تقييم العديد من النباتات المحلية في المنطقة بشكل علمي كامل من حيث محتواها من المستقلبات الأولية والثانوية وإمكاناتها الدوائية، مما يجعل خصائصها غير معروفة إلى حد كبير. وفي ظل ندرة الموارد المائية التي تحد من زراعة العديد من المحاصيل، فإن استغلال النباتات الطبية المحلية والمستوطنة ذات الاحتياجات المائية المنخفضة يمثل استراتيجية فعالة لمواجهة هذا التحدي. لذا، من الضروري أن تركز المعاهد والمراكز البحثية والجامعات أبحاثها على تحديد وتقييم وتطوير أساليب الزراعة المستدامة للنباتات الطبية القيّمة في المنطقة. ولن تساهم هذه الجهود في تلبية جزء من الاحتياجات الغذائية والدوائية للمحافظة والبلاد فحسب، بل ستمنع أيضًا تدهور الموارد الطبيعية الناجم عن الجمع الجائر.
وتشمل الأهداف الرئيسية لقسم علوم وهندسة البستنة في مجال النباتات الطبية ما يلي:

 

تواجه الزراعة في القرن الحادي والعشرين هدفين رئيسيين:
​​​​​​​ زيادة الإنتاج العالمي للمحاصيل الزراعية وحماية البيئة. إن تحقيق زيادة الإنتاج دون استغلال أراضٍ خصبة جديدة يمثل تحديًا كبيرًا، بينما تتطلب حماية البيئة تقليلاً جذريًا في استخدام المواد الكيميائية. في هذا السياق، برزت الهندسة الوراثية، وبشكل أعم تعديل النباتات وراثيًا باستخدام التقنيات الحديثة، كخيار استراتيجي مكمل لأساليب التربية التقليدية. وقد فتحت التطورات الحديثة في بيولوجيا الخلية والبيولوجيا الجزيئية آفاقًا جديدة لإنتاج النباتات المعدلة وراثيًا (Transgenic Plants). ويُقصد بهذه المنتجات، المعروفة أيضًا بالمحاصيل المعدلة وراثيًا (GM Crops)، النباتات التي استقبلت جينًا واحدًا أو أكثر من مصادر وراثية أخرى (كالبكتيريا، والحيوانات، والإنسان، والنباتات الأخرى) عبر تقنيات الهندسة الوراثية. وتشمل الأهداف الرئيسية لتطوير هذه النباتات زيادة مقاومتها للآفات والأمراض، وتحسين تحملها للإجهادات اللاأحيائية (الجفاف، الملوحة، والبرودة)، ورفع جودتها الغذائية، وزيادة إنتاجيتها، وإنتاج لقاحات وأجسام مضادة نباتية، وزيادة إنتاج مستقلبات ثانوية معينة. تم حديثًا تأسيس قسم التكنولوجيا الحيوية ضمن قسم علوم وهندسة البستنة في جامعة كردستان، وعملية تجهيزه بالمعدات اللازمة قيد التنفيذ.
ونظرًا لأهمية التكنولوجيا الحيوية في التحسين الكمي والنوعي للمحاصيل البستانية، تتركز الأولويات البحثية لهذا القسم على المحاور التالية: