جعفر عبداله زاده

میوه‌های خشک و غذاهای محلی فرآوری شده به عنوان محصولات غذایی مفید و سرشار از قند، پروتئین، ویتامین‌ها، اسیدهای چرب، فیبر و مواد معدنی در جوامع مختلف محبوب و در دسترس هستند. حفاظت از محصولات غذایی در برابر آسیب‌های فیزیکی، شیمیایی و عوامل میکروبی همواره مورد توجه انسان‌ها بوده است که در این میان رشد و فعالیت ریزموجوداتی نظیر قارچ‌های رشته‌ای از اهمیت ویژه‌ای برخوردار می‌باشد. اغلب قارچ‌های مرتبط با موادغذایی هنگام رشد و کلنیزاسیون علاوه بر تجزیه و تخریب ماده غذایی، با ترشح سموم قارچی سلامت مصرف‌کننده را به خطر می‌اندازند. جهت مطالعه فیلوژنی و تاکسونومی قارچ‌های مرتبط با برخی از مواد غذایی شهرستان مهاباد 519 نمونه از میوه‌های خشک کشمش، زردآلو، سیب، توت سفید و غذای محلی خشک شده ترخینه در فصل پاییز سال 1400 جمع‌آوری گردید. پس از ضدعفونی نمونه‌ها با الکل 70 درصد و قرار دادن روی محیط کشت سترون حاوی عصاره سیب زمینی-دکستروز-آگار (PDA)، تعداد 416 جدایه قارچی به دست آمد که بر اساس ویژگی‌های ریختی به چهار جنس Aspergillus، Penicillium، Alternaria و Rhizopus تعلق داشتند. گروه‌بندی جدایه‌ها با تکنیک ISSR و آغازگر (GTG)5 جهت انتخاب نماینده برای شناسایی مولکولی انجام شد که بر این اساس تمام جدایه‌ها در 30 گروه مارکری قرار گرفتند. شناسایی مولکولی نماینده‌های جنس Aspergillus با توالی‌یابی بخشی از ژن Calmodulin (CaM)، نماینده‌های جنس Penicillium با توالی‌یابی بخشی از ژن Beta-tubulin (BenA)، نماینده‌های جنس Alternaria با توالی‌یابی بخشی از ژن RNA polymerase II second largest subunit (RPB2) و نماینده‌های جنس Rhizopus با توالی‌یابی ناحیه ژنی Internal transcribed spacer از DNA ریبوزومی (ITS) انجام شد که در نتیجه آن 17 گونه‌ شناسایی گردید. گونه‌های شناسایی شده شامل Aspergillus tubingensis، A. niger، A. luchuensis، A. flavus، A. terreus، Aspergillus sp.، Penicillium chrysogenum، P. crustosum، P. dipodomyus، P. palitans، P. polonicum، Alternaria alternata، A. cantlous، A. malorum، Alternaria sp.1، Alternaria sp.2 و Rhizopus arrhizus بودند. گونه‌های Aspergillus tubingensis (155 جدایه/37 درصد)، A. niger (120 جدایه/29 درصد)، Rhizopus arrhizus (30 جدایه/هفت درصد)، Aspergillus favus (22 جدایه/پنج درصد) Penicillium dipodomyus (22 جدایه/پنج درصد) نسبت به سایر گونه‌ها دارای فراوانی بیشتری بودند. براساس نتایج به دست آمده در این تحقیق جدایه‌های شناسایی شده تحت نام‌های Aspergillus sp. و Alternaria sp.2 نماینده گونه‌های جدید برای دانش قارچ شناسی می‌باشند.

بیماری‌های قارچی با شیوع جهانی که از سال‌ها قبل مورد توجه محققان بوده و قدمت آن به بیش از یک قرن قبل می‌رسد، تهدید بزرگی برای صنایع مرتبط با انگور هستند. بیماری‌های تنه انگور (GTDs) از جمله بیماری اسکا، پتری، سرخشکیدگی یوتیپایی و سرخشکیدگی بوتریوسفریایی مخرب‌ترین بیماری‌های قارچی هستند که باعث زوال و از بین رفتن سریع یا تدریجی انگور می‌شوند. به منظور مطالعه عوامل قارچی مرتبط با بیماری زوال مو از درختان دارای علائم در تاکستان‌های شهر کوزران در تابستان و پاییز سال 1399 نمونه‌برداری صورت گرفت. نمونه‌های جمع‌آوری شده با ذکر محل و تاریخ جمع‌آوری در پاکت‌های کاغذی قرار داده‌شد و برای انجام مراحل بعدی تحقیق به آزمایشگاه قارچ‌شناسی دانشگاه کردستان منتقل شدند. بعد از جداسازی و خالص‌سازی جدایه‌ها در مجموع 262 جدایه قارچی به‌دست آمد که بر اساس خصوصیات مورفولوژیکی، مولکولی و آنالیزهای فیلوژنتیکی، به 34 گونه شامل Acremonium egyptiacum، Alloeutypa sp.، Anthostoma sp.، Cryptosphaeria pulmanensis، Cytospora sp.1، Cytospora sp.2، Canariomyces arenarius، Chaetomium olivaceum، Diatrype iranensis، Diatrype sp.، Dothideomycetes incerta sedis sp.1، Dothideomycetes incerta sedis sp.2، Dothiora maculans، Fusarium gamsii.، Fusarium annulatum، Hormonema sp.، Kalmusia variiospora، Lophiostoma sp.، Paramicrosphaeropsis sp.، Neocosmospora metavorans، Neosetophoma iranianum، Neosctalidium dimidiatum، pestalotia-like cf. Broomella، Phaeomoniella chlamydospora، Phaeoacremonium parasiticum، Phaeoacremonium iranianum، Phaeoacremonium minimum، Preussia sp.، Sarocladium subulatum، Seimatosporium marivanicum، Sporocadus sorbi، Stilbocrea banihashemiana، Truncatella angustata و Westerdykella sp. تعلق داشتند. از گونه‌های شناسایی شده گونه Neoscytalidium dimidiatum از گونه‌های مهم بیماری‌زای مرتبط با بیماری‌ تنه و شاخه انگور جداسازی به دلیل وضعیت تاکسونومیکی این جنس بدون بررسی مولکولی و صرفا براساس مورفولوژی شناسایی شد و گونه‌های متعلق به جنس‌هایChaetomium ، Hormonema، Dothiora، Canariomyces، Preussia، Lophiostoma و Westerdykella که بر اساس داده‌های مولکولی شناسایی شدند نظر به عدم اهمیت‌شان در بیماری‌های‌ تنه و شاخه انگور مورد بررسی مورفولوژیکی قرار نگرفته و توصیف نشدند.

بیماری های تنه و شاخه انگور جزو بیماری های قارچی مهم باغات انگور هستند. در این تحقیق به منظور بررسی و شناسایی قارچ های مرتبط با تنه و شاخه انگور و بررسی بیماریزایی آنها از باغ های انگور استان های ایلام، کرمانشاه، لرستان و مرکزی تعداد 737 جدایه متعلق به گرو ه های مختلف قارچی جمع آوری گردید. به منظور غربال جدایه ها برای انجام مطالعات تاکسونومیکی و فیلوژنتیکی، اقدام به گروه بندی جدایه ها با استفاده از نشانگر مولکولیM13 شد. براساس ویژگی های ریخت شناختی و توالی دی ان ای (ناحیه ITS ، بخشی از ژن TUB2 و (TEF جدایه ها به 18 گونه شامل Acremonium sclerotigenum،Alternaria alternata ، Biscogniauxia rosacearum، Clonostachys rosea، Curvularia spicifera،Cytospora viticola ، Diplodia seriata، Kalmusia variispora، Paramicrosphaeropsis sp.، Neoscytalidium dimidiatum، minimum Phaeoacremonium ، Truncatella angustata، Seimatosporium vitifusiforme، Phaeoacremonium iranianum، Fusarium gamsii، Fusarium acuminatum،Fusarium iranicum و Didymella glomerata تعلق داشتند. از این تعداد گونه Paramicrosphaeropsis sp. برای دنیا جدید می باشد. گونه های B. rosacearum، C. spicifera ، F. iranicumو F. gamsii برای اولین بار از انگور جداسازی و شناسایی می شوند. آزمون بیماری زایی روی نهال های انگور دو ساله در شرایط گلخانه نشان داد که گونه های Pha. minimum، Pha. iranianum، N. dimidiatum، F. gamsii، F. acuminatum و B. rosacearum دارای بیشترین میزان بیماریزایی هستند. گونه های C. rosea، Paramicrosphaeropsis sp.، F. iranicum و C. viticola هیچگونه علائمی را روی نهال های انگور ایجاد نکردند. متابولیت های ثانویه دخیل در بیماریزایی چهار گونه B. rosacearum، Kalmusia variispora، Truncatella angustata و Didymella glomerata بررسی شدند که منجر به شناسایی ترکیباتی از گروه پلی کتید ها و فنول ها گردید. فعالیت ضد قارچی متابولیت PCA بدست آمده از گونه T. angustata علیه چهار عامل GTDS (Pha. minimum، Pha. italicum، F. mediterranea و N. parvum) بررسی شد.

پوشش جنگلی زاگرس با مساحت بیش از 5 میلیون هکتار یکی از رویشگاه های جنگلی اصلی درختان بلوط در ایران می باشد. از مهم ترین مشکلات جنگل های بلوط زاگرس در ایران زوال درختان بلوط ناشی از عوامل غیرزیستی و زیستی از جمله قارچ های پاتوژن گیاهی مرتبط با شانکر، سرخشکیدگی و نکروز بافت های آوندی می باشد. به منظور شناسایی و پاتولوژی قارچ های مرتبط با شانکر، سرخشکیدگی و نکروز بافت های آوندی درختان بلوط دچار زوال در جنگل های زاگرس شمالی و مرکزی نمونه برداری طی فصل های تابستان و پاییز سال 1395 انجام شد و تعداد 462 جدایه متعلق به گروه های مختلف قارچی جمع آوری گردید. تمام جدایه ها براساس الگوی اثرانگشت ژنومی ایجاد شده توسط تکنیک ISSR در سطح گونه گروه بندی شدند. براساس خصوصیات ریختی و توالی نواحی مختلف ژنومی شامل LSU، ITS، RPB2، EF1-α و β-tubulin به 25 گونه از 18 جنس شامل Alternaria، Apiospora، Biscogniauxia، Botryosphaeria، Chaetomium، Cosmospora، Cytospora، Didymella، Eutypa، Fimetariella، Fusarium، Gnomoniopsis، Kalmusia، Neocosmospora، Neoscytalidium، Nigrospora، Phaeoacremonium و Stilbocrea تعلق داشتند. از مجموع 25 گونه شناسایی شده تعداد هشت گونه متعلق به شش جنس Cosmospora، Cytospora، Eutypa، Gnomoniopsis،Neocosmospora و Nigrospora برای جهان جدید می باشند. جنس های Neocosmospora (53 جدایه/ 11 درصد)، Cytospora (46 جدایه/ 10 درصد) و Biscogniauxia (40 جدایه/ 9 درصد) بیشترین فراوانی را داشتند. گونه های B. rosacearum (40 جدایه/ 9 درصد)، Kalmusia variispora (37 جدایه/ 8 درصد)، Neocosmospora sp. (35 جدایه/ 8 درصد)، Gnomoniopsis sp. (28 جدایه/ 6 درصد) دارای بیشترین فراوانی بودند. آزمون بیماری زایی روی نهال های دوساله بلوط ایرانی (Quercus brantii) در شرایط گلخانه نشان داد که گونه های Biscogniauxia rosacearum، Gnomoniopsis sp.، Neoscytalidium dimidiatum، Botryosphaeria dothidea، Obolarina persica، Neocosmospora sp. وNeocosmospora metavorans دارای بیشترین میزان بیماری زایی (از نظر طول زخم) هستند. متابولیت های ثانویه دخیل در بیماری زایی سه گونه B. rosacearum، Fi. rabenhorstii و St. macrostoma بررسی شدند که منجر به شناسایی ترکیباتی از گروه ترپنوئیدها، پلی کتیدها و فنول ها و معرفی دو ترکیب جدید Rabenchromenone و Rabenzophenone گردید.

کپک های دوده ای آسکومیست های اپی فیتی هستند که روی سطح اندام های گیاهی رشد می کنند و معمولا واجد هیف های تیره بوده و کلنی های سیاه یا خاکستری رنگ ایجاد می کنند. این قارچ ها اغلب همراه حشرات تولید کننده عسلک به ویژه شپشک ها روی سطح اندام های گیاهان زنده به سر می برند. کلنی های قارچ روی برگ باعث کاهش فتوسنتز شده و میزان دریافت نور را کاهش میدهند. تاکسونومی قارچ های مولد کپک دوده ای بر اساس ویژگی های ریختی به دلایل مختلف دارای ابهام می باشد. در سال های اخیر از روش های مولکولی مبتنی بر توالی DNA در شناسایی این قارچ ها استفاده شده است. در این مطالعه به منظور بررسی تاکسونومی قارچ های مولد کپک دوده ای در شرق استان گیلان، 100 جدایه از شهرستان های مختلف جمع آوری گردید. جدایه ها روی محیط کشت سیب زمینی دکستروز آگار (PDA) کشت و خالص سازی شدند. بعد از استخراج DNA ژنومی، جدایه ها با استفاده از آغازگر (GTG)5 به 18 گروه تفکیک شدند و از هر گروه یک جدایه به عنوان نماینده برای مطالعات فیلوژنتیکی و مورفولوژیکی انتخاب شد. شناسایی مولکولی جدایه ها با استفاده از دو جایگاه هسته ای ITS و RPB2 انجام شد. آنالیزهای فیلوژنتیکی براساس روش های MP با نرم افزار PAUP انجام شد. براساس داده های مولکولی و مورفولوژیکی6 گونه شامل Conidiocarpus sp. 1، Conidiocarpus sp. 2، Polychaeton citri، Capnodium sp. 1، Capnodium sp. 2 و Leptoxyphium sp. در این مطالعه شناسایی شدند.

گوجه فرنگی با نام علمی Solanum lycopersicum یکی از سبزیجات مهم مورد استفاده غذایی از تیره Solanaceae می باشد. این گیاه به علت اهمیت اقتصادی و سادگی تحقیق بر روی آن به صورت یکی گیاه الگو در علم ژنتیک و بیوتکنولوژی درآمده است. گیاه گوجه فرنگی نیز مشابه با دیگر گیاهان در معرض آفات و بیماری های متعددی از جمله بیماری های ویروسی و قارچی می باشد. از بیماری های شایع و مهم درگوجه فرنگی می توان به ویروس موزاییک خیار و لکه موجی آلترناریایی اشاره کردکه موجب خسارت در مزرعه و حتی پس از برداشت در این گیاه و محصول آن می شوند. بنابراین بررسی برهمکنش این بیمارگرها با همدیگر یکی از زمینه های تحقیقاتی جهت کنترل این بیماری ها می باشد. یکی از روش های ایجاد مقاومت به بیمارگرها، استفاده از تکنولوژی خاموشی ژن برای ایجاد مقاومت به عوامل بیماری زا در گیاهان می باشد. در تحقیق حاضر، اثر خاموشی ژن 2b ویروس موزاییک خیار در برهمکنش این ویروس با قارچ عامل لکه موجی در گیاهان آلوده به این بیمارگرها و گیاهان سالم مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج تحقیق زیست سنجی در شرایط آزمایشگاهی و با استفاده ازروش برگ جدا شده در پتری(detached leaf assay )نشان داد که خاموشی ژن CMV-2b منجر به کاهش خسارت ناشی از قارچ آلترناریا در گیاهان آلوده به ویروس موزائیک خیار می شود. همچنین بررسی بیان ژن bZIP60 که در ارتباط با تنش های زیستی و غیر زیستی می باشد، با استفاده از PCR کمی ، نشان داد که ویروس موزائیک خیار باعث افزایش بیان این ژن در گیاه شده درحالی که بیان سازه ژنی خاموشی 2b pFGC-c.h)) در این گیاه باعث کاهش بیان این ژن نسبت به گیاه دارای سازه کنترل بود. نتایج این بررسی نشان داد که قارچ آلترناریا باعث کاهش بیان این ژن شده، درحالی که در آلودگی همزمان قارچ آلترناریا و CMV ، میزان بیان این ژن نسبت به گیاه سالم کاهش نشان داد. همچنین در این تحقیق اثر سازه بازدارنده مرگ برنامه ریزی شده سلولی در برهمکنش قارچ آلترناریا و CMV مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این آزمایش حاکی از این بود که سازه ژنی pPIN 253 حاوی ژن CED-9 باعث جلوگیری از القاء نکروز توسط قارچ شده درحالی که به افزایش غلظت ویروس در بافت گیاه کمک می کند. بنابراین نتایج تحقیق حاضر بیانگر تاثیر مثبت خاموشی CMV-2b در کاهش میزان خسارت قارچ آلترناریا، علاوه برویروس CMV، گیاه گوجه فرنگی بوده و این ژن را به عنوان کاندید مناسبی برای ایجاد ارقام مقاوم به ویروس CMV و قارچ آلترناریا در آلودگی مخلوط این دو بیمارگر معرفی می نماید. همچنین نتایج تحقیق حاضر بیانگر این نکته بود که سازه بازدارنده مرگ برنامه ریزی شده سلولی با اینکه باعث کاهش نکروز توسط قارچ آلترناریا می شود، اما حساسیت به ویروس CMV را افزایش می دهد.

بیماری پاخوره یکی از مهمترین بیماری های ریشه ی غلات و گراس ها و عامل محدود کننده تولید غلات است که به وسیله ی قارچ Gaeumannomyces tritici ایجاد می شود. در این تحقیق 1477جدایه قارچ اندوفیت از اندامهای مختلف گیاهان خانواده گندمیان جداسازی گردید. بعد از غربالگری در شرایط آزمایشگاهی، 40 جدایه که در آزمون کشت متقابل بیشترین تاثیر بازدارندگی را در برابر G. tritici داشتند برای انجام مطالعات بعدی انتخاب شدند. همچنین آزمون های تولید مواد فرار و مواد خارج سلولی، آنزیم های خارج سلولی، سیدروفور و اسید ایندول استیک و جیبرلین، سیانید هیدروژن و توانایی محلول سازی فسفات مورد بررسی قرارگرفت. تاثیر جدایه های اندوفیت روی کنترل بیماری پاخوره در شرایط گلخانه نیز انجام شد. شناسایی جدایه ها با بررسی های ریخت شناسی و مولکولی براساس توالی ژن هایITS ، tubulin،RPB2 ، TEF و Calmodulin انجام شد. نتایج نشان داد که در شرایط آزمایشگاهی تمام جدایه ها در کشت متقابل به طور معنی داری باعث جلوگیری از رشد پرگنه قارچ بیمارگر شدند. بیشترین بازدارندگی در آزمون کشت متقابل، متابولیت فرار و ترکیبات خارج سلولی به ترتیب مربوط به جدایه های Aspergillus terreus Ag3L1 با 44/74 درصد، Mucor hiemalis W2R2 با 48/26 و Phaeosphaeria sp. TD1S1 با 74/75 درصد بود. علاوه بر این بررسی تاثیر قارچهای اندوفیت در گلخانه نشان داد که تعدادی از جدایه ها در کاهش شدت بیماری در شرایط گلخانه موثر هستند. بیشترین بازدارندگی از بیماری در شرایط گلخانه مربوط به Coprinopsis sp. W69T2 با 86/86 درصد و Penicillium canescens Ag1T5 با 81 درصد کنترل بیماری بود. همچنین به منظور بررسی اثر ضد میکروبی متابولیت های ثانویه تولید شده توسط قارچ های اندوفیت روی قارچ بیمارگر، عصاره هشت قارچ Coprinopsis sp. W69T2، Phaeosphaeria sp. TD1S1، A. ochraceus Ag4R1، A. tubingensis Ag10T2، P. canescens Ag1T5، T. amestolkiae Y2L2، A. hiratsukae O25L5 و Epicoccum sp. O29R2 با حلال اتیل استات استخراج شد و تاثیر آنها روی قارچ بیمارگر بررسی شد. عصاره هر هشت جدایه خاصیت بازدارندگی نشان داد. بیشترین تاثیر روی قارچ بیمارگر مربوط به عصاره A. hiratsukae O25L5 با متوسط بازدارندگی 42/59 درصد و کمترین تاثیرمربوط به عصاره Coprinopsis sp. W69T2 با متوسط بازدارندگی 5/32 درصد بود. عصاره استخراج شده قارچ ها برای شناسایی متابولیت های موجود در آن به دستگاه GC-MS تزریق شدند. این نتایج نشان میدهد که قارچهای اندوفیت پتانسیل بالایی در کنترل این بیماری دارا می باشند و می توانند جایگزین مناسبی برای قارچکش ها باشند و محیط را از آلودگی به وسیله ی قارچکش های شیمیایی حفاظت کنند.

کشمش یکی از محصولات صادراتی مهم در ایران است که ممکن است با انواعی ازقارچ ها آلوده باشد. برخی از این قارچ ها از گونه های آسپرژیلوس احتمالا تولیدکننده مایکوتوکسین هستند. اکراتوکسین A یکی از این سموم است که در انگور وکشمش دیده شده است. با توجه به تولید بالای انگور و کشمش در کشور و به ویژه در شهرستان ملایر، ردیابی سریع قارچ های تولیدکننده اکراتوکسین A برای تشخیص و پیشگیری از آلودگی این محصول از حیث امنیت غذایی بسیار ضروری است. هدف از این تحقیق شناسایی قارچ های بالقوه مولد اکراتوکسین A روی دو نوع کشمش آفتابی و تیزابی شهرستان ملایر است. به منظور ردیابی قارچ های احتمالی در کشمش از روش های مولکولی PCR و توالی یابی استفاده شد. ابتدا ضدعفونی نمونه های کشمش انجام گرفت، سپس جداسازی وکشت قارچ های احتمالی آلوده کننده انجام شد. بررسی های مورفولوژیکی نشان داد که قارچ های تکثیر شده متعلق به گونه آسپرژیلوس می باشند. استخراج DNA از قارچ ها انجام شد. ژن بتاتوبولین به عنوان یک ژن شاخص در این قارچ ها انتخاب و تکثیر شد. نتایج توالی یابی ژن بتاتوبولین از ده نمونه نشان داد که این توالی ها متعلق به Aspergillus niger و Aspergillus tubingensis می باشند. پس از تعیین گونه های احتمالی آلوده کننده آسپرژیلوس، آغازگرهای اختصاصی ژن کالمودولین برای هر دو گونه طراحی و نمونه ها توسط PCR بررسی شدند. به منظور تایید صحت اختصاصیت ناحیه تکثیر شده، توالی یابی برای چندین نمونه انجام شد و نتایج نشان داد که این توالی ها مربوط به دو گونه از قارچ های Aspergillus niger و Aspergillus tubingensis هستند. ردیابی تمامی نمونه های مورد بررسی توسط آغازگرهای اختصاصی ژن کالمودولین نشان داد که همه کشمش های آفتابی و تیزابی نمونه برداری شده آلوده به یکی از دو گونه Aspergillus niger یا Aspergillus tubingensis هستند. به طور کلی به نظر می رسد اکثر نمونه های کشمش جمع آوری شده در ملایر آلوده به این دو قارچ باشند که این قارچ ها احتمالا تولید کننده سموم اکراتوکسین می اشند. با شناسایی این دو قارچ اهمیت اعمال روش های کنترل بهداشتی در تولید کشمش و پرهیز از روش های متداول و سنتی خشک کردن کشمش جهت پیشگیری از آلودگی های احتمالی به آسپرژیلوس ضروری به نظر می رسد.

L. theobromae یک قارچ بیماری زای گیاهی است که داری گسترش جهانی بوده و در مناطق دارای آب و هوای گرم خسارت زا است. L. theobrome یک پاتوژن گیاهی با دامنه میزبانی وسیع می باشد و در گونه های مختلف گیاهان چوبی باعث پوسیدگی میوه، شانکر، سرشاخه میری و زوال می شود. در مو و توت فرنگی عامل شانکر و مرگ سرشاخه می باشد. جهت مدیریت این قارچ امروزه روش های زراعی متداول مانند محافظت از زخم های ناشی از هرس با استفاده از سموم شیمیایی به کار گرفته می شود. روش های کنترل شیمیایی برای محیط زیست مخرب بوده و همچنین اثرات سمی بقایای آن در محصول مشکل ساز می باشد، از سوی دیگر روش های کنترل زیستی نیز تحت تاثیر اقلیم بوده و برای کنترل این بیماری کارایی کافی ندارند. بنابراین لزوم استفاده از ارقام مقاوم در برنامه های مدیریتی ضروری به نظر می رسد. یکی از روش های ایجاد مقاومت در گیاهان، که در سال های اخیر مورد مطالعه قرار گرفته است، استفاده از سیستم خاموشی ژن برای ایجاد مقاومت گیاهان به بیمارگرها می باشد. بنابراین در این تحقیق بررسی کارایی خاموشی در کنترل این قارچ مورد بررسی قرار گرفت. به این منظور از میان ژن های اختصاصی قارچ که دارای تشابه توالی با گیاه میزبان و انسان نبودند، ژن TEF1-α انتخاب شد. بر همین اساس برای انجام آزمون مقامت گذرا سازه پلاسمیدی pFGC-TEF1-α-d طراحی و ساخته شد. آزمون بیماری زایی روی دو رقم Camarosa و Ventana از توت فرنگی و رقم بی دانه مو نشان داد که بیماری زایی L. theoromae در ارقام و گیاهان مختلف متفاوت است، همچنانکه در رقم Camarosa توت فرنگی پس از سه روز علایم نکروز مشاهده می شود اما در رقم Ventana پنج روز پس از آلودگی علایم نکروز ظاهر می شود. نتایج این تحقیق با روش بیان گذرا نشان داد که کارائی سازه نیز در ارقام مختلف می تواند متفاوت باشد. در مورد توت فرنگی و مو مشاهده گردید سرعت گسترش بیماری در گیاه اگروفیلتراسیون شده با سازه ژنی نسبت به شاهد بسیار کندتر می باشد. بنابراین سازه ساخته شده در کاهش شدت و گسترش بیماری تاثیر معنی داری داشت.

قارچ Ascochyta rabiei بیمارگر مهم و عامل بیماری برق زدگی نخود بوده و دارای پراکنش جهانی می باشد. این بیماری می تواند باعث کاهش 100% محصول نخود زراعی شود. سیستم تولیدمثلی قارچ می تواند دینامیک ژنتیک جمعیت و تکامل قارچ و همچنین اپیدمیولوژی و مدیریت عامل بیماری را تحت تاثیر قرار دهد. با توجه به این که تاکنون هیچ گونه اطلاعاتی از ساختار ژنتیکی و مرحله جنسی این قارچ در استان کردستان در دست نیست، لذا این تحقیق با اهداف تعیین تنوع ژنتیکی بین و درون جمعیت های قارچ A. rabiei با استفاده از پنج جایگاه SSR و ایدیومورف های تیپ آمیزشی انجام شد. در مجموع 147 جدایه قارچ A. rabiei از مزارع مختلف شش منطقه از استان کردستان جمع آوری گردید. به منظور بررسی ساختار ژنتیکی، شاخص های تنوع ژنتیکی محاسبه و توزیع تیپ های آمیزشی بررسی گردید. جایگاه های SSR در تمام شش جمعیت از چندشکلی 100 درصدی برخوردار بودند و تعداد کل آلل ها در جایگاه های SSR از 10 تا 24 آلل متغیر بود. تجزیه و تحلیل واریانس مولکولی (AMOVA) نشان داد که بیشترین مقدار تنوع ژنتیکی (89 درصد) در درون جمعیت ها و 11 درصد تنوع در بین جمعیت ها توزیع شده بود. تنوع ژنی کل (Ht) برابر 83/0 برآورد شد. تمایز ژنتیکی (Gst= 0.16) بین جمعیت ها معنی دار بود و جریان ژنی (Nm) 61/2 محاسبه گردید. تعداد ژنوتیپ های مشاهده شده از 26 ژنوتیپ در جمعیت Z تا نه ژنوتیپ در جمعیت N متغیر بود و شاخص تنوع ژنوتیپی کل 98/0 محاسبه شد. نسبت تیپ های آمیزشی در جمعیت های N، D و Z از نسبت 1:1 انحراف داشت (05/0p<). در جمعیت های W، B و G نسبت تیپ های آمیزشی 1:1 محاسبه گردید. نتایج این تحقیق نشان داد که بین جدایه های جمع آوری شده از مناطق مختلف استان کردستان تنوع ژنتیکی بالا و سیستم تولیدمثلی مخلوط شامل جنسی و غیرجنسی در جمعیت های A.rabiei وجود دارد. به طور کلی نتایج نشان داد که جمعیت های مورد بررسی، پتانسیل بالایی برای غلبه بر مقاومت در ارقام مقاوم نخود دارند.

نخود یکی از گیاهان مهم خانواده بقولات می باشد که بسیاری از بیماری های قارچی باعث بیماری و عامل محدودکننده این گیاه می باشد. یکی از مهم ترین بیماری قارچی در نخود، برق زدگی می باشد که در بسیاری از مزارع خسارت 100% به گیاه وارد می کند. در رابطه متقابل گیاه و پاتوژن، پس از شناسایی پاتوژن، مجموعه ای از مکانیسم های دفاعی از طریق انتقال آبشارهای سیگنالی، ژن های دفاعی متعدد در نخود بیان می شوند. در این مطالعه ژن های AFP-ca، CaD2، LRR و PGIP انتخاب شدند و پاسخ گیاه نسبت به پاتوژن در دو ژنوتیپ مقاوم و حساس به پاتوژن A. rabiei مورد بررسی قرار گرفت. کشت نخود در سه تکرار در سیستم گلخانه ای برای هر دو رقم انجام شد. هم چنین با گیاه شاهد در شرایط یکسان مورد آزمایش قرار گرفت. استخراج RNA از ژنوتیپ مقاوم ICC12004 و ژنوتیپ حساس FLIP82-150c با استفاده از کیت RNX-Plus در زمان های 0، 6، 12، 24، 48، 72 و 96 ساعت پس از مایه زنی گیاه با قارچ A. rabiei انجام شد. بیان ژن های انتخاب شده پس از مایه زنی با قارچ در ارقام مقاوم و حساس با استفاده از RT-PCR نیمه کمی اندازه گیری شد. نتایج نشان داد که سطح بیان ژن های CaD2، AFP-ca و PGIP در گیاه مقاوم نسبت به بیماری A. rabiei افزایش یافت. هم چنین نتایج نشان داد که بیان ژن LRR در مقایسه با سایر ژن های کاندید، سطح بیان در رقم مقاوم نسبت به رقم حساس کمتر بود. نتایج نشان داد که ژن های انتخاب شده CaD2 و AFP-ca از خانواده پپتیدهای ضدمیکروبی در ارقام مقاوم در زمان های اولیه 24-6 ساعت پس از مایه زنی و هم چنین ژن PGIP از خانواده پروتئین های مهارکننده گالاکتوروناز در زمان 48 ساعت پس از مایه زنی حداکثر بیان را نشان می دهند. به طور کلی می توان نتنیجه گیری کرد که تمام ژن های مورد بررسی این تحقیق از جمله ژن LRR، به فعالیت های درونی گیاه کمک کرده و در برابر بیماری برق زدگی پاسخ مقاومتی نشان می دهند.

بوتریوسفراسه خانواده ای از قارچ ها است که دامنه وسیعی از میزبان ها ، به ویژه گیاهان چوبی دارد. بیشتر گونه های این خانواده به عنوان عوامل بیماریزا ضعیف عمل می کنندکه از طریق زخم ناشی از تنش خشکی، تگرگ، باد، یخبندان و هجوم حشرات موجب بیماریزایی گیاه می شوند. یا مستقیما از طریق عدسک، روزنه ها و دیگر شکاف ها بدون ایجاد علائم مشهود وارد گیاه شده و بیماریزایی ایجاد می کنند. پنج متابولیت به نام های تریموتین، تریموتین هیدرات، اپی ساروپسیدون ،4-کلرو تریموتین هیدرات و 4-هیدروکسی سوکسینات تریموتین هیدرات مربوط به خانواده دی هیدروتولئوکوینون است که از قارچ های بوتریوسفراسه به ویژه قارچNeofusicoccum parvum جداسازی شده است .تریموتین موجب القای بیان ژن های مختلف به ویژه ژن های دخیل در خنثی سازی سم می شود و از این لحاظ دارای اهمیت بوده و قابل توجه می باشد.برهمکنش بین گیاه میزبان و عوامل بیماریزا موجب تغییراتی در متابولیسم سلول ها و فعالیت آنزیم ها از جمله پلی فنل اکسیدازها و پراکسیداز می شود. پلی فنل اکسیداز در مراحل اولیه دفاع گیاه که در آن غشا آسیب می بیند نقش مهمی ایفا می کند و موجب آزادسازی اسیدکلرژنیک می شود. گلوتاتیون اس ترانسفرازها با محدود کردن القای تنش اکسیداتیو در حذف سم سلول های انگور نقش دارد. نقش سیستم GST در سم زدایی مستقیم متابولیت های قارچی و سم زدایی سلولی پس از شیوع اکسیداتیو مربوط به آن، پیشنهاد شد. در این تحقیق پس از ایجاد بیماریزایی برگ انگور به وسیله قارچ نئوفوزیکوکوم پاروم القای ژن های دفاعی گلوتاتیون اس ترانسفراز1 و پلی فنل اکسیداز1 در بازه های زمانی 36 و 48 ساعت پس از بیماریزایی نسبت به ژن مرجع مشاهده شد.

اغلب اعضای جنس Pythium به صورت ساپروفیت گزارش شده اند ولی برخی از گونه ها به عنوان انگل قارچ ها، گیاهان، حشرات، ماهی ها، حیوانات و انسان شناخته شده اند. اعضای بیماری زای این جنس علایمی از قبیل پوسیدگی بذر، مرگ گیاهچه، پوسیدگی نرم میوه و سبزی و پوسیدگی ریشه در گیاهان ایجاد می کنند. تفکیک و شناسایی گونه یک پیش نیاز برای بسیاری از مطالعات در زمینه اپیدمیولوژی، اکولوژی ، مدیریت بیماری و ژنتیک جمعیت است. به دلیل تنوع درون گونه ای، تشابه اندام ها در گونه های مختلف و عدم وجود ساختارهای جنسی در برخی گونه-ها، شناسایی ریختی گونه های این جنس بسیار مشکل است. امّا استفاده از روش های مولکولی مبتنی بر PCR می تواند به حل این مشکل کمک کند. بنابراین این تحقیق به منظور بررسی کارآیی نشانگر های ISSR و rep-PCR جهت تفکیک گونه های جنس پی تیوم انجام شد. آزمایش با 39 جدایه Pythium متعلق به 24 گونه شناسایی شده براساس توالی ناحیه ITS و بخشی از ژن coxI انجام گرفت. اثر انگشت ژنومی جدایه ها با استفاده از تکنیک ISSR با آغازگر های M13 و (GTG)5 و تکنیک rep-PCR با مجموعه آغازگر هایBOXA1R ،ERIC1/ERIC2 و REP1R/REP2I تعیین شد. تجزیه و تحلیل الگو های باندی به دست آمده با استفاده از نرم افزار NTSYSpc ver 2.1 و به روش UPGMA انجام شد. نتایج این بررسی نشان داد که آغازگر های BOX، REP و ERIC قادر به تفکیک گونه های Pythium مورد بررسی بودند. جدایه های گونه P. ultimum در دو گروه قرار گرفتند که حاکی از کمپلکس بودن این گونه است. نشانگر های M13 و (GTG)5 دو جدایه گونه Pythium sp.9 را در دو گروه مجزا قرار دادند ولی در مجموع بر اساس ترکیب داده های ISSR و rep-PCR جدایه های این گونه نیز در یک گروه در کنار هم قرار گرفتند. میزان تکرار پذیری این تکنیک ها در تفکیک گونه های جنس پی تیوم در این تحقیق بیشتر از 85% محاسبه شد.

گیاهان ساز و کارهای زیادی برای محافظت از خود در مقابل پاتوژن های میکروبی و بیماری ها دارند. پروتیین های مرتبط با بیماری زایی (PR پروتیین ها) به عنوان بخشی از پاسخ دفاعی فعال برای جلوگیری از حمله پاتوژن تولید می شوند. اعضای جنس Botryosphaeria باعث ایجاد بیماری های مختلفی از جمله سرخشکیدگی (Botryosphaeria dieback) انگور می شوند. یکی از گونه های بیماری زای انگور B. dothidea می باشد که به آسانی زخم ها را آلوده می کند و معمولا در انگور بعد از زخم های ناشی از هرس، باعث ایجاد بیماری می شود. در این تحقیق تلقیح این قارچ روی گیاه انگور (Vitis vinifera) جهت القای مکانیسم دفاعی میزبان و بررسی بروز ژن های مرتبط با بیماری زایی انجام شد. نتایج آنالیز بیان ژن ها به روش PCR نیمه کمی نشان داد که بیان ژن کیتینازIII در زمان های 48 و 72 ساعت بعد از تلقیح و بیان ژن بتا 1 و 3 گلوکوناز 48 ساعت بعد از تلقیح در گیاهان آلوده نسبت به گیاهان شاهد افزایش یافت و شدت افزایش بیان ژن کیتیناز III نسبت به ژن بتا 1 و 3 گلوکوناز بیشتر بود. بر اساس نتایج به دست آمده میزان تغییرات ژن های دفاعی مختلف گیاه انگور در برهمکنش با قارچ متفاوت است.

توت فرنگی یکی از محصولات مهم و استراتژیک کشاورزی از نظر خواص غذایی و مصارف طبیعی است. بیماری آنتراکنوز توت فرنگی یکی از بیماری های بسیار جدی بر روی توت فرنگی است که توسط گونه های جنس Colletotrichum ایجاد می شود. هدف از اجرای این تحقیق ارزیابی قارچ های اندوفیت به عنوان عامل کنترل زیستی آنتراکنوز با عامل C. acutatum می باشد. در مجموع 20 جدایه قارچ بیمارگر از بوته های توت فرنگی دارای علائم آنتراکنوز جداسازی و خالص سازی شدند. پس از انجام آزمون بیماری زایی بر روی برگ، میوه و بوته توت فرنگی، جدایه C13 که بیشترین درصد بیماری زایی را دارا بود برای انجام آزمایشات بعدی انتخاب شد. در کل تعداد60 جدایه قارچ اندوفیت از اندام های مختلف، سالم و شاداب گیاه توت فرنگی (ریشه، ساقه و برگ) جداسازی و خالص سازی گردید، توانایی آن ها در بازدارندگی از رشد پرگنه قارچ C. acutatum عامل بیماری آنتراکنوز با استفاده از روش کشت متقابل ارزیابی گردید، جدایه E57 با 6/37 درصد بیشترین بازدارندگی از رشد پرگنه قارچ بیمارگر را دارا بود. ده جدایه که دارای بیشترین درصد بازدارندگی بودند برای آزمایشات بعدی انتخاب شدند. توانایی این ده جدایه در آزمون تولید مواد فرار، تولید مواد خارج سلولی ارزیابی شد، جدایه های E2 و E51 در این آزمون ها به ترتیب با 12/26، 93/86 درصد دارای بیشترین میزان بازدارندگی بودند، همچنین در آزمون گلخانه ای جدایه E51 بیشترین بازدارندگی را دارا بود. شناسایی این ده جدایه بر اساس مشخصات ریخت شناسی و مولکولی انجام شد. بر این اساس جدایه های منتخب متعلق به Alternaria sp.، Aspergillus awamori، Penicillium hordei، Penicillium polonicum و Stagonosporopsis sp بودند. نتایج این تحقیق نشان داد که قارچ های اندفیت جدا شده از توت فرنگی با تولید ترکیبات خارج سلولی و آنتی بیوتیک ها باعث کاهش بیماری آنتراکنوز شده و تاثیرات مثبتی در کنترل این بیماری دارند و می توانند جایگزین مناسبی برای ترکیبات شیمیایی در شرایط مزرعه باشند. لذا ضروری است که مطالعات تکمیلی در شرایط مزرعه و گلخانه به منظور بررسی تاثیر قارچ های اندوفیت بر روی بیماری آنتراکنوز توت فرنگی انجام گیرد.

بیماری های تنه یکی از مشکلات مهم اغلب گیاهان چوبی از جمله انگور، با پراکنش وسیع جهانی می باشد که توسط مجموعه ای از قارچ ها از جمله گونه های قارچی تیره Botryosphaeriaceae ایجاد می شود. یکی از مهم ترین و شناخته شده ترین گونه های بیماری زای این تیره در مناطق مختلف دنیا Diplodia seriata است که به عنوان عامل بیماری های متنوعی از جمله شانکر، سر خشکیدگی و پوسیدگی میوه در میزبان های مختلف شناخته شده است. آزمون بررسی حساسیت این گونه قارچی به قارچ کش های تری فلوکسی استروبین، آیپرودیون و کاربندازیم در شرایط آزمایشگاه انجام شد. آزمایش با 40 جدایه در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار انجام شد. به منظور تعیین مقدار EC50هرجدایه، میزان رشد میسلیوم هر جدایه در غلظت های مشخص هر قارچ کش تعیین گردید. جدایه های با بیش ترین و کمترین حساسیت و فراوانی جدایه های کمتر حساس در جمعیت مورد بررسی محاسبه شدند. نتایج این بررسی نشان داد که قارچکش کاربندازیم با EC50 در دامنه 014/0 تا 72/0 میکروگرم بر میلی لیتر موثرترین قارچ کش در کنترل گونه D. seriata است. همچنین مطالعات ارزیابی حساسیت به این قارچ کش ها روی تعدادی از جدایه های حساس و کمتر حساس گونه D. seriata روی انگور های پنج ساله رقم عسگری در شرایط مزرعه و روی قلمه های انگور در شرایط گلخانه انجام شد. با توجه به نتایج بدست آمده که بیان گر وجود اختلاف بین جدایه ها در حضور دو قارچ کش تری فلوکسی استروبین و کاربندازیم عدم وجود اختلاف بین جدایه ها در حضور قارچ کش آیپرودیون است مشخص شد که دو قارچ کش تری فلوکسی استروبین و کاربندازیم نسبت به قارچ کش آیپرودیون در کنترل این گونه قارچی موثرتر می باشند. همچنین مشخص شد جدایه هایی که در آزمایشگاه به عنوان جدایه های کمتر حساس شناخته شده بودند در شرایط مزرعه و گلخانه نیز به قارچ کش های مذکور دارای حساسیت کمتری هستند.

قارچ Rhizoctonia solani یک بیمارگر خاکزی است که سبب شوره سیاه و شانکر ساقه سیب زمینی می گردد. این بیماری کیفیت و کمیت سیب زمینی را کاهش می دهد و یکی از مهمترین عوامل محدوده کننده ی تولید سیب زمینی در ایران و جهان می باشد. هدف از این تحقیق، جداسازی و شناسایی قارچ های اندوفیت همراه تعدادی از گیاهان خانواده سولاناسه و بررسی تاثیر آنها در کنترل این بیمارگر میباشد. در این تحقیق 170 جدایه قارچ اندوفیت از اندامهای مختلف گیاهان سالم سیب زمینی، فلفل، بادمجان، گوجه فرنگی و برخی از علف های هرز خانواده ی سولاناسه جداسازی گردید. بعد از غربال گری در شرایط آزمایشگاهی، 10 جدایه که در آزمون کشت متقابل بیشترین تاثیر بازدارندگی را روی عامل بیماری داشتند برای انجام مطالعات بعدی انتخاب شدند. همچنین آزمون های تولید مواد فرار و تولید مواد خارج سلولی مورد بررسی قرار گرفت. تاثیر بیوکنترلی جدایه های اندوفیت روی رشد بیماری در شرایط گلخانه نیز انجام شد. با بررسی ریخت شناسی و مولکولی براساس توالی ژن ITS، RPB2 و Calmodulin این جدایه ها، مشخص شد که جدایه های قارچ متعلق به سه جنس Aspergillus، Alternaria و Penicillium می باشند. نتایج نشان داد که در شرایط آزمایشگاهی تمام جدایه ها به طور معنی داری باعث جلوگیری از رشد پرگنه قارچ بیمارگر از طریق تولید آنتی بیوتیک و مواد خارج سلولی شدند. آنالیز داده ها نشان داد که جدایه های آسپرژیلوس (E99 وE67) بیشترین بازدارندگی از رشد پرگنه بیمارگر را در کشت متقابل داشتند. همچنین جدایه های آسپرژیلوس(E68, E98) و جدایه آلترناریا (E64) بیشترین تاثیر را از طریق تولید متابولیت های فرار در کنترل عامل بیماری داشتند. در آزمون تولید ترکیبات خارج سلولی، جدایه های آسپرژیلوس (E67 وE68) بیشترین بازدارندگی از رشد پرگنه بیمارگر را داشتند. علاوه بر این بررسی تاثیر قارچهای اندوفیت در گلخانه نشان داد که تمامی جدایه ها به طور معنی داری باعث کاهش شدت بیماری در شرایط گلخانه می شوند. این نتایج نشان می دهد که قارچهای اندوفیت پتانسیل بالایی در کنترل این بیماری دارا می-باشند و می توانند جایگزین مناسب مواد شیمیایی در کنترل قارچ ریزوکتونیا باشند. لذا ضرورت دارد که تحقیقات بیشتری در شرایط مزرعه نیز توسط اندوفیت های قارچی انجام گیرد.

بیماری های تنه یکی از مشکلات عمده اغلب گیاهان چوبی از جمله انگور می باشندکه توسط تعدادی از قارچ ها از جمله گونه های متعلق به تیره Botryosphaeriaceae ایجاد می شوند. یکی از شناخته شده ترین گونه های بیماری زای این تیره در مناطق مختلف دنیا Botryosphaeria dothidea است که به عنوان عامل بیماری های متنوعی از جمله شانکر، سر خشکیدگی و پوسیدگی میوه در میزبان های مختلف شناخته شده است. گونه B. dothidea معمولا از طریق زخم ناشی از هرس و سایر صدمات روی گیاه میزبان ایجاد آلودگی می کند. بنابراین حفاظت از زخم از استراتژی های موثر و مقرون به صرفه مورد توجه در مدیریت بیماریهای تنه ناشی از B. dothidea می باشد. در این تحقیق حساسیت جدایه های B. dothidea نسبت به تری فلوکسی استروبین، کاربندازیم و ایپرودیون در شرایط درون شیشه ای و نیز کارایی این قارچ کش ها در محافظت از زخم محل هرس انگور در برابر آلودگی این بیمارگر در شرایط گلخانه و مزرعه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که جدایه های قارچ نسبت به هر سه قارچ کش مورد بررسی حساس بودند و کاربندازیم با مقادیر EC50 معادل 264/0-015/0 میلی گرم بر لیتر، بیشترین اثر را در بازداری از رشد داشت. نتایج مطالعات گلخانه ای و مزرعه ای نشان داد که کاربندازیم کارآیی بیشتری نسبت به آیپرودیون و تری فلوکسی استروبین در محافظت از زخم دارد. بنابراین، کاربندازیم پتانسیل استفاده در برنامه های مدیریت علیه B. dothidea در تاکستان ها را دارد.

طی بازدید از موسسات تولیدی قارچ دکمه ای در استان کردستان نمونه های مشکوک به بیماری لکه قهوه ای و نکروز مرکزی جمع آوری و عامل بیماری بر اساس خصوصیات فنوتیپی و مولکولی Pseudomonas tolaasii و Ewingella americanaتشخیص داده شد. در سال 1394 از قارچ های کلاهک دار خودرو در استان کردستان نمونه برداری انجام شد و 66 جدایه باکتری اندوفیت جداسازی شد. بر اساس خصوصیات فنوتیپی، تولید ترکیبات بازدارنده و ترکیبات محرک رشد، 11 جدایه انتخاب، و شناسایی تکمیلی براساس تعیین توالی بخشی از ناحیه ژن 16S rDNA صورت گرفت. نتایج نشان داد، که جدایه های Bi1، Di1، Ka4، و Ma2 دارای 100- 99 % شباهت نوکلئوتیدی به جنس Pseudomonas، جدایه های De3، Sag1 و De4 واجد 100% شیاهت به جنس Bacillus و جدایه های Ka7، De8، De9 و Sa10 دارای 100% شباهت نوکلئوتیدی به ترتیب با جنس های Serratia، Stenotrophomonas، Brochothrix و Ewingella هستند. تحت شرایط in vitro، تمامی جدایه ها توانایی تولید مقادیر متفاوتی هورمون اکسین و جیبرلین را داشتند. تمامی جدایه ها به جز De9 توانایی تولید آنزیم پروتئاز را داشتند اما نتیجه آزمون تولید هیدروژن سیانید برای کلیه جدایه ها منفی بود. نتیجه آزمون حلالیت فسفات برای تمامی جدایه ها به جز De3 و De8 مثبت مشاهده گردید. نتیجه آزمون تثبیت ازت، تولید لیپاز و سیدروفور در بین جدایه ها متفاوت بود. بعلاوه تمامی جدایه ها به جز De4 و Sa10 قادر به تحریک ریشه زایی در بافت هویج بودند. در آزمون کشت متقابل تمامی جدایه ها به جز Sag1 قادر به تولید هاله بازدارنده در واکنش به باکتری P. tolaasii بودند. نتیجه این آزمون در واکنش به E. americana برای جدایه های Sag1، De4 و Bi1 مثبت بود. آزمون واکنش متقابل باکتری های اندوفیت و جدایه های بیمارگر در شرایط in vivo و بر روی کلاهک ضد عفونی شده قارچ دکمه ای نشان داد که جدایه Bi1 با 7/96% کنترل کنندگی بیشترین تاثیر را در کاهش بیماری لکه قهوه ای دارا بود. همچنین جدایه De4 با 25/72% توانایی کنترل کنندگی بیشترین تاثیر را در کاهش بیماری نکروز پایه قارچ دکمه ای نشان داد. تحقیق حاضر اولین گزارش از جداسازی باکتری های اندوفیت از قارچ های کلاهک دار خودرو با توانایی تحریک کنندگی رشد و توانایی کنترل زیستی عامل بیماری لکه قهوه ای و نکروز پایه قارچ در ایران می باشد. بعلاوه P. tolaasii به

ﺍﻫﻤﻴﺖ ﺯﻧﺒﻮﺭ ﻋﺴﻞ ﺩﺭﮔﺮﺩﻩﺍﻓﺸﺎﻧﻲ ﻭ ﺍﻓﺰﺍﻳﺶ ﻣﺤﺼﻮﻻﺕ ﻛﺸﺎﻭﺭﺯﻱ به اثبات رسیده است. دو عامل مهاجرت و واردات ملکه تاثیر زیادی روی تنوع ژنتیکی جمعیت های زنبور عسل داشته است. شناسایی و حفظ جمعیت های ایرانی زنبورعسل معمولی از اهمیت زیادی برخوردار بوده و یکی از روش های مطالعه ی جمعیت زنبورهای عسل، مطالعه ی خصوصیات ژنتیکی است. بنابراین جهت شناسایی خصوصیات ژنتیکی جمعیت های زنبورعسل زنبورستان های واقع در ایران، نمونه-برداری از تمام استان های ایران (31 استان) در ماه های بهار و تابستان سال 1394 انجام شد. جهت جمع آوری نمونه ها از پنبه آغشته به اتیل استات برای بیهوش کردن زنبور ها استفاده شد و سپس زنبور های بیهوش به ظرف حاوی الکل مطلق منتقل شدند. استخراج DNA جمعیت های زنبور عسل اروپایی با استفاده از روش CTAB انجام شد. از ژن tRNAleu، ناحیه ی بین ژنی و بخشی از ژن COII برای مطالعه ی جمعیت های زنبورعسل استفاده گردید. پس از توالی یابی و همترازی ژن مورد نظر، جمعیت های مختلف جمع آوری شده توسط نرم افزار PAUP V.4.0b10 مورد ارزیابی قرار گرفت. پنج هاپلوتیپ در جمعیت های مرتبط با زیرگونه ی ایرانی مشاهده شد که شامل هاپلوتیپ اول: یزد؛ هاپلوتیپ دوم: کهکلویه و بویراحمد، اردبیل، زنجان و کرمان؛ هاپلوتیپ سوم: البرز، بوشهر، آذربایجان غربی، سمنان، قم، خراسان شمالی، مرکزی، خراسان رضوی، ایلام، هرمزگان، همدان و اصفهان؛ هاپلوتیپ چهارم: سیستان و بلوچستان؛ هاپلوتیپ پنجم: گلستان، چارمحال بختیاری، آذربایجان شرقی، تهران، خراسان جنوبی، شیراز، قزوین، مازندران، لرستان، کردستان، خوزستان و کرمانشاه بودند. نتایج نشان داد که نمونه جمع آوری شده از گیلان زیرگونه ی ایرانی نیست و این نمونه با زیرگونه های کارنیکا، قفقازی و ایتالیایی در یک گروه قرار گرفت.

ویروس موزاییک هندوانه (Watermelon mosaic virus, WMV) یکی از گونه های مهم جنس Potyvirus از خانواده ی Potyvirdae است. این ویروس پیکره های رشته ای انعطاف پذیر به طول حدود nm 760 دارد و ژنوم آن به صورت RNA تک رشته و مثبت می باشد. WMV در مقایسه با سایر پوتی ویروس های گیاهی دامنه ی میزبانی وسیع تری دارد و باعث خسارت اقتصادی به بسیاری از محصولات عمدتا کدوئیان می شود. به منظور ردیابی ویروس موزاییک هندوانه از جالیز کاری های استان کردستان، طی تابستان سال 1393، 56 نمونه برگی از میزبان های بادمجان، خیار، کدو، گوجه فرنگی، لوبیا سبز و هندوانه که دارای علائم مشکوک به این ویروس بودند، جمع آوری شد. ابتدا آر.ان.ای کل مطابق روش بهینه شده ی روحانی و همکاران (1993) استخراج و سپس، با استفاده از آغازگر های شش نوکلئوتیدی تصادفیcDNA مربوط به آن ها ساخته شد. در نهایت، محصولات cDNA به عنوان الگو برای تکثیر قسمتی از ژن پوشش پروتئینی ویروس موزائیک هندوانه در واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای WMV (CP-f)/ WMV(CP-r) به کار گرفته شد. نتایج الکتروفورز روی ژل آگارز 2/1%، حاکی از تکثیر قطعه مورد انتظار حدود 657 جفت بازی در 21 نمونه (37 درصد) از نمونه های مورد مطالعه بود .در کل بر اساس نتایج آرتی-پی سی آر، 35%، 55%، 17%، 40% و 67% از نمونه های مورد مطالعه در میزبان های خیار، کدو، گوجه فرنگی، لوبیا سبز و هندوانه به ترتیب آلوده به ویروس موزاییک هندوانه بودند. در حالیکه، این ویروس از میزبان بادمجان ردیابی نشد. قطعات تکثیر شده از 10 نمونه ی، B21،B22 ، C49 ،C44، W5، W1، H7، Z3، Z6، Z17 پس از اتصال به پلاسمید pTG19 در میزبان باکتریایی E.coli DH5αترانسفورم شدند. باکتری های ترانسفورم شده با پلاسمید نوترکیب بر روی محیط کشت حاوی آمپی سیلین،IPTG و XGal انتخاب و پلاسمید نوترکیب حاوی قطعه پی سی آر، از باکتری های ترانسفورم شده استخراج گردید. قطعات پی سی آر موجود در پلاسمید های نوترکیب با استفاده از آغازگر T7- promoter تعیین توالی شدند و توالی های به دست آمده شامل 657 نوکلئوتید همراه با 81 ترادف انتخاب شده از بانک ژن مقایسه شدند. همردیف سازی های چندگانه و آنالیز فیلوژنتیکی و تعیین نسبت جانشینی نامترادف (dN) به جانشینی مترادف (dS) با نرم افزار هایMEGA6 و DNaSp انجام و درخت فیلوژنتیک به روش ماکسیمم لایکلی

گندم یکی از محصولات مهم زراعی در استان کردستان است. گونه های Pythium به صورت ساپروفیت، پارازیت و پارازیت های اختیاری روی ریشه گیاه گندم زندگی می کنند و در اغلب خاک ها حضور دارند. گونه های Pythium در همه جا گسترده و به گونه های زیادی از گیاهان حمله می کنند. آنها موجب پوسیدگی بذر، مرگ گیاهچه و بوته میری گیاه گندم می شوند. هدف از اجرای این تحقیق شناسایی گونه های متعلق به جنس Pythium در مزارع گندم در شهرستان های قروه و دهگلان است. به منظور انجام این کار در بهار و تابستان 1393 نمونه برداری از خاک و ریشه گیاهان گندم مشکوک به آلودگی از مزارع مختلف شهرستان های قروه و دهگلان انجام گردید. نمونه ها بر روی محیط کشت های انتخابی کشت شدند. در مجموع 150 جدایه جداسازی گردید. خالص سازی جدایه ها به روش نوک ریسه انجام گردید. شناسایی گونه های Pythium روی محیط کشت های اختصاصی با استفاده از کلید های معتبر و بر اساس ویژگی های ریخت شناسی و آنالیز توالی نواحی ITS1-5.8S-ITS2 انجام شد. این گونه ها شامل Pythium heterothallicum، P. ultimum var. ultimum،P. aphanidermatum ،P. paroecandrum ، P. attrantheridium و P. nunn به ترتیب با فراوانی 44%، 27%، 14%، 7%، 5% و 3% بودند.

درختان بلوط از مهمترین و گسترده ترین پوشش جنگلی زاگرس می باشند و به دلیل ارزش اقتصادی و صنعتی حائز اهمیت هستند. تعدادی از باکتری ها به صورت اندوفیت درون بافت گیاهی بدون ایجاد علائم یا زیان آشکار به میزبان استقرار می یابند، رابطه طولانی مدت با میزبان دارند و به روش های مختلف موجب افزایش رشد گیاه می شوند. در مطالعه حاضر نمونه برداری از ریشه، برگ، ساقه و میوه سالم درختان بلوط از جنگل-های بانه و مریوان صورت گرفت و 63 جدایه باکتری اندوفیت جداسازی و مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس آزمون های تولید ترکیبات محرک رشد گیاه و ترکیبات بازدارنده 7 جدایه انتخاب شد و شناسایی براساس توالی بخشی از ناحیه ژن16S rDNA صورت گرفت. طبق نتایج بدست آمده جدایه های 54، 88، 95 و 177 متعلق به جنس Pseudomonas، جدایه های 59 و 79 متعلق به جنس Stenotrophomonas و جدایه 172 متعلق به جنس Bacillus تشخیص داده شدند. در بررسی های آزمایشگاهی تمامی این جدایه ها قادر به تولید هورمون رشد گیاهی اکسین و جیبرلین به میزان های مختلف بودند. در آزمون توانایی تثبیت ازت تنها جدایه های 79، 54، 88 و 95 واکنش مثبت نشان دادند. واکنش برای همه جدایه ها در آزمون توانایی تولید آنزیم فسفاتاز منفی بود. نتیجه آزمون تولید پروتئاز در جدایه های 59، 88 و 177 مثبت بود. جدایه های 88، 95، 172 و 177 قادر به تولید سیدروفور بودند. همچنین در آزمون توانایی تولید سیانید هیدروژن جدایه های 79 و 95 به میزان کم سیانید هیدروژن تولید کرده و نتیجه برای سایر جدایه ها منفی بود. جنس های Bacillus، Pseudomonas و Stenotrophomonas برای اولین بار از بلوط در ایران گزارش می شوند و بیشترین فراوانی مربوط به جنس Pseudomonas می باشد.

میزان تولید ضایعات و پسماند محصولات کشاورزی در ایران بسیار بالاست که با توجه به ترکیب آنها به منابع مناسبی برای تولید اتانول تبدیل شده است. تفاله نیشکر یکی از فراوان ترین و ارزان ترین منبع کربن در دسترس و قابل استفاده برای تولید اتانول می باشد که با این کاربرد علاوه بر جلوگیری از ورود آن به طبیعت، محصولی بدست می آید که یک سوخت پاک و سازگار با طبیعت است. هدف اصلی این پژوهش تولید بیواتانول از تفاله نیشکر به عنوان یک سوخت زیست محیطی و پاک می باشد. در این پژوهش از روش قلیایی با NaOHبرای تیمار تفاله نیشکر استفاده شد که این فرآیند را نسبت به عوامل عملیاتی غلظت قلیای هیدروکسید سدیم ، دما و زمان ماند در پنج سطح با روش طرح مرکب مرکزی (CCI)، بهینه سازی شد که نتایج بهینه سازی غلظت قلیای 2.5 مولار، دمای 59.12درجه سانتی گراد و زمان ماند 3.39 ساعت را به عنوان نقطه بهینه جهت حصول بالاترین درصد هلوسلولز (سلولز و هی سلولز) و بالاترین میزان بازیابی آن و کمترین مقادیر لیگنین و خاکستر پیشنهاد کرد. هلوسلولز استخراجی را به روش پیوسته (SSF) که در این مرحله پس ازکشت و استخراج آنزیم از قارچ های تریکودرما پارسیرامسیوم و تریکودرما ریسیه ای و آسپرژیلوس نایجر و با استفاده از مخمر ساکارومایسیس سروزیه بیواتانول تولید شد. غلظت بیواتانول تولیدی با استفاده از تیتراسیون دی کرومات پتاسیم اسیدی و تیوسولفات سدیم اندازگیری شد، که بیشترین بیواتانول تولیدی مربوط به استفاده از قارچ تریکودرما پارسیرامسیوم می باشد که مقدار 7.53 میلی گرم اتانول در یک میلی لیتر محلول در دمای 41 درجه سانتی گراد و مدت زمان 72 ساعت و با PH برابر 4.8 تولید شد.

هدف از این پژوهش شناسائی باکتری های اندوفیت محرک رشد جداسازی شده از درخت پسته وحشی در برخی از مناطق استان کردستان (بانه و مریوان) می باشد. بدین منظور نمونه برداری از برگ و شاخه سالم درختان پسته وحشی در سال 1393 طی ماه های تیر و مرداد انجام پذیرفت. 61 جدایه باکتری اندوفیت جداسازی و مورد بررسی قرار گرفت. براساس آزمون های تولید ترکیبات محرک رشد گیاه، 10 جدایه انتخاب شد و شناسائی براساس واکنش زنجیره ای پلی مراز و تعیین توالی بخشی از ناحیه ژن 16S rDNA صورت گرفت. نتایج نشان داد جدایه های 3، 24، 71 و 78 متعلق به جنس Pseudomonas، جدایه های 25 و 97 مربوط به جنس Stenotrophomonas و جدایه های 66 و 108 از جنس Bacillus، جدایه 15 از جنس Serratiaجدایه 1 به جنس Pantoea تشخیص داده شدند. تمامی سویه ها قادر به تولید هورمون های رشد گیاهی اکسین و جیبرلین در مقادیر مختلف بودند. سویه های 1، 15، 24، 71 و 78 قادر به تثبیت ازت گردیدند و تولید سیدروفور در سویه های 1، 15، 71، 78 و 108 مشاهده شد. نتیجه آزمون توانائی تولید پروتئاز در سویه های 24، 25، 66 و 78 مثبت بود. هم چنین در آزمون توانائی تولید سیانید هیدروژن تنها سویه 66 توانست سیانید هیدروژن تولید کند. جنس های Pseudomonas، Stenotrophomonas، Bacillus، Serratia و Pantoea بعنوان باکتری اندوفیت و برای اولین بار از درخت پسته وحشی گزارش می شوند.

بیمار ی های قارچی مختلفی در شاخه و برگ سیب زمینی باعث ایجاد خسارت می شوند که از آن جمله می توان به بیماری لکه موجی ناشی از گونه های جنس Alternaria اشاره کرد. به منظور مطالعه گونه های آلترناریای مرتبط با بیماری لکه موجی از برگ های دارای علائم مشکوک به این بیماری در مزارع سیب زمینی شهرستان های قروه و دهگلان در تابستان سال های 1392 و 1394 نمونه برداری صورت گرفت. جداسازی به وسیله کشت بخشی از بافت آلوده بر روی محیط کشت PDA صورت گرفت. پس از خالص سازی به روش نوک ریسه 82 جدایه بدست آمد. بر اساس خصوصیات مورفولوژیکی و مولکولی (با تکثیر بخشی از ناحیه RPB2) جدایه ها در دو گونه A. alternata (26 جدایه) و A. arborescense (56 جدایه) قرار گرفتند. آزمون بررسی حساسیت جمعیت گونهA. arborescense به قارچ کش های آیپرودیون، کلروتالونیل و تری فلوکسی استروبین در شرایط آزمایشگاه انجام شد. آزمایش با 37 جدایه در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار انجام شد. به منظور تعیین مقدار EC50 هر جدایه، میزان جوانه زنی اسپور در غلظت های مشخص هر قارچ کش تعیین گردید. فاکتور مقاومت و فراوانی جدایه های مقاوم در جمعیت مورد بررسی نیز محاسبه شدند. نتایج این بررسی نشان داد که قارچ کش تری فلوکسی استروبین با EC50 در دامنه 744/0- 011/0 میکروگرم/میلی لیتر و کم ترین فراوانی جدایه های مقاوم، موُثرترین قارچ کش در کنترل گونه A. arborescense در استان کردستان می باشد. مطالعات بیماری زایی تعدادی از جدایه های حساس و مقاوم گونه A. arborescense روی رقم مارفونای سیب زمینی در شرایط گلخانه انجام شد و بیماری زایی جدایه ها با اجرای اصول کخ به اثبات رسید. آزمون حساسیت این جدایه ها به قارچ کش های آیپرودیون، کلروتالونیل و تری فلوکسی استروبین روی رقم مارفونای سیب زمینی در شرایط آزمایشگاه بیان گر تاثیر قارچ کش های تری فلوکسی استروبین و کلروتالونیل در کنترل بروز علائم بیماری است.

سیب زمینی یکی از محصولات مهم زراعی در استان کردستان است. عوامل قارچی زیادی موجب پوسیدگی غده، طوقه و ریشه درگیاه سیب زمینی می شوند. هدف از اجرای این تحقیق شناسایی عوامل قارچی مرتبط با پوسیدگی غده، طوقه و ریشه سیب زمینی است. به منظور انجام این کار در تابستان 1392 نمونه برداری از بخش های زیرزمینی گیاهان مشکوک به آلودگی در مراحل مختلف رشدی گیاه از زمان کاشت غده ها تا برداشت محصول سیب زمینی از مزارع مناطق مختلف شهرستان های قروه و دهگلان انجام گردید. نمونه های غده، طوقه و ریشه گیاهان بیمار پس از شستشو در زیر جریان ملایم آب به قطعات 5/0 تا 1 سانتی متری تقسیم و پس از ضدعفونی سطحی بر روی محیط کشت عمومی و یا انتخابی کشت شدند. در مجموع 170 جدایه قارچی از غده، طوقه و ریشه گیاهان بیمار سیب زمینی جداسازی گردید. پس از خالص سازی جدایه ها به روش نوک هیف یا تک اسپور با استفاده از کلید های معتبر شناسایی شدند. سرانجام جدایه های قارچی انتخاب شده بر اساس ویژگی های مورفولوژیکی و آنالیز توالی نواحی ITS، RPB2 و TEF در شش جنس و 13 گونه شامل Alternaria.arborescens، Alternaria alternata، Alternaria atra، Alternaria cantlous، Alternaria embellisia، Alternaria tenuissima، Colletotrichum coccodes، Fusarium equiseti، Fusarium redolens، Fusarium solani، Fusarium tricinctum، Rhizoctonia solaniو Trichoderma longibrachiatum شناسایی گردید. علاوه بر این گونه ها، تعداد شش جدایه قارچ فوزاریوم و ده جدایه قارچ تریکوکلادیوم نیز تا حد جنس شناسایی و بر اساس داده های موجود با تاکسون های توصیف شده تفاوت داشته که نیاز به مطالعات تکمیلی دارند. در این میان فراوانی جدایه های مربوط به جنس فوزاریوم از بقیه بیشتر بود. گونهAltarnaria cantlous آرایه جدیدی برای فلور قارچ های ایران بوده و همچنین برای اولین بار در دنیا از سیب زمینی گزارش می شود.

شانکر باکتریایی درختان میوه هسته دار بوسیله گونه Pseudomonas syringae پاتووارهای syringae وmorspronorum ایجاد می شود یکی از پاتووارهای مهم این باکتری (Pss) Pseudomonas syringae pv. syringae است. این پاتووار در شرایط اقلیمی مساعد، خسارت قابل توجهی را به باغات وارد می سازد. به منظور بررسی پراکنش سویه های عامل یا همراه بیماری در مناطق مختلف استان کردستان و نیز بررسی خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی، جدایه های باکتری در سال های 91-92 از باغ های گیلاس، زردآلو، آلو، هلو و شلیل جمع آوری شدند. جداسازی و خالص سازی جدایه های باکتری، بر روی محیط کشت KingB انجام شد. خصوصیات فنوتیپی باکتری های جدا شده براساس آزمون های LOPAT و GATTa مورد مطالعه قرار گرفت. برای شناسایی دقیق تر20 جدایه انتخاب شده، از آغازگر اختصاصی ژن syrB استفاده گردید. در 12جدایهPss قطعه ی مورد نظر به اندازه تقریبی 752 جفت باز تکثیر شد. آنالیز خوشه ای نتایج به دست آمده از rep-PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ERIC وREP به ترتیب در سطح تشابه 60 و50 درصد و با ترکیب دو آغازگر در سطح تشابه 49 درصد گروه بندی جدایه های Pss را در سه گروه اصلی نشان دادند. نتایج نشانگر وجود تنوع ژنتیکی درون جدایه های Pss عامل بیماری شانکر درختان میوه هسته دار بود. بررسی تکمیلی به روش MLST با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، ژن هایgyrB ، rpoD، gltA و gapA انجام گردید. در درخت فیلوژنی ترسیمی، 12 جدایه Pss در سه گروه مجزا قرار گرفتند و هشت جدایه به عنوان سودوموناس های فلورسان همراه با بیماری، شامل گونه های P. fluorescens،P. orientalis ، P. putida و P. graminis در استان کردستان شناسایی شدند.

گونه های جنس Zymoseptoria که قبلاً در جنس Septoria قرار داشتند، دارای پراکنش جهانی هستند ولی بیشترین تنوع گونه های آن از خاورمیانه و بخصوص ایران گزارش شده است. تاکنون هفت گونه از این جنس شناسایی شده است که همه آنها بیمارگر غلات و گندمیان وحشی هستند و بجز یک گونه، بقیه از ایران گزارش شده اند. گونه های بیمارگر غلات از جمله Z. tritici و Z. passerini از خسارت زاترین بیماری ها در گندم و جو به شمار می روند که میزان خسارت ناشی از آنها به بیش از50 درصد نیز می رسد. گندمیان وحشی نیز به عنوان میزبان زمستان گذران در تامین مایه اولیه بیماری حایز اهمیت می باشند. در سال های اخیر مطالعات زیادی در زمینه شناسایی گونه های این جنس بر روی غلات و گندمیان وحشی در ایران انجام شده است. در این مطالعه تعداد 3 گونه Z. tritici، Z. ardabiliae و Zymoseptoria sp شناسایی شد.

مطالعه ای برای شناسایی عوامل مولد زنگ گندم و علف های هرز مربوطه در مناطق شرقی استان کردستان طی سال های 92-91 و 93-92 انجام شد. در این بررسی 27 آرایه از زنگ ها متعلق به جنس های Melampsora، Phragmidium، Puccinia و Uromyces روی خانواده های گیاهی چمنیان، فرفیون ها، چتریان، گل رز و هفت بندیان شناسایی شدند. این تاکسون ها در برگیرنده یک گونه از هر یک از جنس های Phragmidium و Melampsora، 22 گونه از جنس Puccinia و سه گونه متعلق به جنس Uromyces بودند. در بین این گونه ها سه آرایه P. tornata روی Hordeum bulbosum، P. major روی Crepis pulchra و U. hordeinus روی H. bulbosum به عنوان گونه های جدید برای ایران معرفی می شوند. همچنین گیاهان Bromus tomentellus برای P. bromina، Echinops orientalis و H. bulbosum به ترتیب برای P. pulvinata و U. hordeinus به عنوان میزبان هایی جدید برای دنیا گزارش می شوند. تشخیص میزبان هایی جدید برای قارچ های P. striiformis، P. cnici و U. dactylidis برای ایران و شناسایی 20 آرایه جدید از قارچ های عامل زنگ برای استان کردستان از دیگر نتایج حاصله در این تحقیق می باشند.

در این مطالعه 32 جدایه مورد بررسی به 14 گروه سازگار رویشی تقسیم شدند که حاکی از تنوع بالا در جمعیت ایرانی قارچ N. parvum می باشد. بیماریزایی این قارچ روی شاخه بریده و در شرایط مزرعه ثابت شد و 4 جدایه از میان 32 جدایه مورد بررسی به عنوان جدایه های مقاوم به قارچ کش تری فلوکسی استروبین شناسایی شدند.

زوال انگور یکی از مشکلات مهم اغلب تاکستان ها با پراکنش وسیع جهانی می باشد که توسط مجموعه ای از قارچ ها ایجاد می شود. به منظور مطالعه و شناسایی عوامل قارچی مرتبط با زوال انگور در تابستان و پاییز سال های 1391 از تاکستان های مناطق مختلف استان کردستان با علائم زوال نمونه برداری صورت گرفت. با برش عرضی شاخه و تنه درختچه های دارای علائم بیماری قطعات 5/0 تا 1 سانتی متری تهیه و به محیط کشت PDAحاوی آنتی بیوتیک منتقل شدند. در مجموع تعداد 110جدایه قارچی از بافت های آلوده جداسازی و خالص سازی شد. براساس ویژگی های مورفولوژیکی و آنالیز توالی نواحیITS و بتاتوبولین جدایه ها در 12 جنس و 16 گونه قرار گرفتند. آزمون بیماری زایی برای تمام گونه های شناسایی شده در این تحقیق انجام گرفت. گونه های Neoscytalidium novaehollandiae، Botryosphaeria dothidea، Phaeoacremoniumaleophilum،Peyronellaea glomerata،Peyronellaea pinodella،Phaeomoniella chlamydospora، Cadophoramalorum و Phoma sp روی رقم بیدانه سفید، و همچنین گونه-هایNeoscytalidium novaehollandiae، Botryosphaeria dothidea، Phaeoacremonium aleophilum، Peyronellaea pinodella و Phoma sp روی رقم ره شه، بیماری زایی بودند.

Pythium یک جنس متنوع با پراکنش جهانی است که گونه های آن در اکوسیستم های مختلف خشکی و آبی حضور دارند. گونه های بیمارگر گیاهی این جنس عامل پوسیدگی بذر، مرگ گیاهچه و پوسیدگی ریشه، طوقه و در مواردی میوه گیاهان می باشند و برخی گونه ها پارازیت قارچ ها هستند که می توان از آنها در کنترل بیولوژیک قارچ های بیماریزای گیاهی استفاده کرد. به منظور شناسایی گونه های این جنس در استان آذربایجان غربی، در طی سال های 92-91 از خاک های مناطق مختلف استان نمونه برداری انجام گرفت. جداسازی از طریق طعمه گذاری در خاک با بذور شاهدانه دو نیم شده جوشیده صورت گرفت و پس از خالص سازی جدایه-ها با روش نوک ریسه، شناسایی و تاکسونومی گونه ها با استفاده از مشخصات ریخت شناسی و تجزیه نسب-شناسی توالی نواحی ITS1-5.8S-ITS2 و بخشی از ژن COXI انجام گردید. بررسی 92 جدایه منتخب نشان داد که این جدایه ها متعلق به هفت کلاد Pythium و نیز جنس Phytopythium بودند. در مجموع 11 گونه شناخته شده شامل P. aphanidermatum، P. attrantheridium، P. carolinianum، P. glomeratum، P. middletonii، P. minus، P. nunn، P. paroecandrum، P. stipitatum، P. ultimum var. ultimum، P. ultimum var. sporangiiferum و گونه Ph. vexans شناسایی گردید که از بین آنها گونه های P. attrantheridium، P. minus، P. stipitatum و P. glomeratum گزارش جدیدی برای میکوفلور ایران می-باشند. علاوه براین، شش گونه ی Pythium نیز شناسایی و توصیف گردید که گونه های جدیدی برای فلور قارچی جهان می باشند. همچنین تعداد پنج گونه نیز به طور دقیق شناسایی نشدند و توصیف و شناسایی آنها نیازمند بررسی های بیشتر مولکولی و ریخت شناسی است. در بین این گونه ها، گونه بیماریزای گیاهی P. aphanidermatum با 15 جدایه فراوان ترین گونه بود و پس از آن گونه های P. nunn، P. ultimum var. ultimum، P. paroecandrum و Pythium sp. 8 به ترتیب با نه، هشت، هفت و هفت جدایه بیشترین تعداد نمونه های جداسازی و شناسایی شده از گونه ها بودند.

بلوط از جمله مهمترین درختان جنگلی استان کردستان می باشد.کیفیت و ارزش اقتصادی درختان بلوط تحت تاثیر عوامل مختلف غیر زنده و همچنین عوامل زنده مختلف از قبیل آفات و عوامل بیماریزا قرار می گیرند. تعدادی از عوامل قارچی روی بلوط بیماریزا بوده و خسارت وارد می‎کنند. قارچ های مختلفی به صورت ساپروفیت، پارازیت و اندوفیت در اندام های مختلف در ارتباط با بلوط هستند. هدف از انجام این تحقیق شناسایی این قارچ ها با استفاده از ویژگی های مورفولوژیکی و مولکولی بود. در این تحقیق نمونه برداری از تنه، شاخه و برگ درختان بلوط مناطق مختلف استان کردستان صورت گرفت و در مجموع 155 جدایه قارچی جمع آوری و مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس نتایج مطالعات مورفولوژیکی، فیزیولوژیکی و داده های توالی ITS جدایه ها در 12 جنس و 13 گونه شامل Asordaria sibutii ، Chaetomium subaffine ، Cladosporium tenellum ، Microphaeropsis olivacea ، Paecilomyces formosus ، Petriella guttulata ، Peyronellaea glomerata ، Truncatella angustata ، Ulocladium botrytis ، Preussia australis ، Seimatosporium sp.، Trichoderma citrinoviride و Trichoderma atroviride قرار گرفتند. که گونه های Asordaria sibutii، Cladosporium tenellum، Paecilomyces formosus، Petriella guttulata و Preussia australis برای اولین بار از ایران گزارش می شوند و گونه Seimatosporium sp. با توجه به خصوصیات مورفولوژیکی و نتایج حاصل از توالی ناحیه ITS برای فلور قارچی دنیا جدید می باشد.

در این مطالعه که طی سالهای 90 تا 92 انجام شد 22 گونه قارچ در ارتباط بیماری زوال مو در شهرستانهای سنندج و مریوان شناسایی شدند که تعدادی از آنها برای ایران و تعدادی نیز برای دنیا جدید هستند. تایید نهایی گونه های شناسایی شده نیاز به تعیین توالی ژنهای بیشتر دارد که در مطالعات آتی انجام خواهد شد.

بیماری شانکر سیب در چند سال اخیر در مناطق عمده کشت سیب و به خصوص در استان آذربایجان غربی و شهرستان سمیرم استان اصفهان گسترش زیادی پیدا کرده است و در حال حاضر یکی از بیماری های مهم سیب در کشور می باشد. بنابراین به منظور شناسایی عوامل قارچی ایجاد کننده ی شانکر سیب در سه منطقه عمده کشت این محصول (آذربایجان غربی، سمیرم و دماوند)، در تابستان 1391 از باغات متعددی نمونه برداری به عمل آمد. پس از انجام مراحل جداسازی و خالص سازی، در مجموع 90 جدایه خالص‎سازی گردید. از جدایه های خالص شده 68 جدایه جهت انجام آزمون بیماری زایی روی شاخه بریده انتخاب شدند، سپس جدایه های بیماری زا روی شاخه بریده، براساس ویژگی های مورفولوژیکی و داده های مولکولی حاصل از تکثیر ناحیه ی ITS1-5.8S-ITS2، در سطح گونه شناسایی شدند. در مجموع 4 گونه شامل Cytospora cincta (گونه غالب در سه منطقه مورد نمونه برداری با فراوانی 40 درصد) ، Neoscytalidium hyalinum (جدا شده از باغات سمیرم و خمینی شهر استان اصفهان با فراوانی 30 درصد) ، Diplodia bulgarica (جدا شده از باغات استان آذربایجان غربی با فراوانی 20 درصد) و Eutypa lata (جدا شده از باغات شهرستان خوی در استان آذربایجان غربی با فراوانی 10 درصد) شناسایی شدند. گونه ی E. lata برای اولین بار از روی سیب در این تحقیق از ایران گزارش می شود. توانایی بیماریزایی هر یک از گونه های شناسایی شده روی نهال های دو ساله رقم زرد لبنانی ((Golden delicious در شرایط مزرعه بررسی شد. نتایج این آزمون پس از شش ماه (از 5 خردادماه تا 8 آذرماه 1392) نشان داد که سه گونه قادر به ایجاد علائم شانکر هستند. از نظر شدت علائم سه گونه: N. hyalinum، D. bulgarica و C. cincta به ترتیب در درجه اول تا سوم اهمیت قرار گرفتند. همچنین اثر دماهای مختلف 10، 15، 20، 25، 30، 35 و40 درجه سلسیوس روی رشد شعاعی گونه های شناسایی شده روی محیط کشت PDA بررسی شد و نتایج نشان داد که دماهای بیشینه، بهینه و کمینه به ترتیب برای گونه N. hyalinum، 40، 30 و 10 درجه سلسیوس، برای گونه ی D. bulgarica 30، 25 و 10 درجه سلسیوس و برای گونه E. lata 30، 25-20 و کمتر از 10 درجه سلسیوس و برای گونه ی C. cincta 28-27، 20-15 و کمتر از 10 درجه سلسیوس می باشند.

گردوی ایرانی (Persian walnut) با نام علمی Juglans regiaجزو گونه های مهم تجاری و با سطح زیر کشت وسیع می باشد. به منظور مطالعه میکوفلور مرتبط با لکه برگی، شانکر، سرشاخه میری و پوسیدگی میوه گردو طی ماه های بهار، تابستان و پاییز سال 1390 از مناطق مختلف گردوکاری استان کردستان نمونه برداری به عمل آمد. نمونه ها در پاکت های جداگانه با ذکر محل و تاریخ به آزمایشگاه منتقل شدند. جداسازی و خالص سازی جدایه ها به روش تک اسپور و یا با قرار دادن قطعه ای از بافت آلوده ضد عفونی شده روی محیط کشت PDA (سیب زمینی- دکستروز- آگار) انجام شد. در مجموع 234 جدایه از قارچ های هیفومیست و سیلومیست به دست آمد که بر اساس ریخت شناسی پرگنه و ویژگی های میکروسکوپی در 7 جنس و 11 گونه قرار گرفتند. گونه های Neomarssoniella juglandis، Phoma dictamnicola، Alternaria alternata و Cladosporium pseudocladosporioides از برگ، گونه های Cytospora chrysosperma،C. cincta ، Botryosphaeria dothidea، Alternaria arborescens، A. radicina و Endoconidioma populi از شاخه و گونه Phoma nigrificans از میوه جداسازی شدند. هفت گونه N. juglandis، C. chrysosperma، C. cincta،B.dothidea ،A. alternata ، A. arborescens و A. radicina قبلاً در ایران شناسایی شده اند. از این میان سه گونه A. alternata ، A. arborescens و A. radicina برای اولین بار از گردو و گونه های Cladosporium pseudocladosporioides،Phoma nigrificans، P. dictamnicola و Endoconidioma populi برای اولین بار از ایران گزارش می شوند.

گونه های متعلق به تیره Botryosphaeriaceae به صورت اندوفیت، ساپروفیت و پارازیت در ارتباط با نهاندانگان و بازدانگان شناخته شده اند و قادر به رشد و فعالیت در اکثر مناطق جغرافیایی هستند. اعضای بیماری زا قادر به ایجاد علائم مختلف از جمله لکه برگی، شانکر، سرشاخه میری، پوسیدگی میوه و در مواردی مرگ درختان هستند. ویژگیهای مورفولوژیکی به تنهایی برای تشخیص و تفکیک گونه های این تیره کافی نیستند و مطالعه تعداد زیاد جدایه ها طاقت فرسا و زمان بر است. به علاوه تعیین توالی یک یا دو ژن برای همه جدایه ها از نظر اقتصادی مقرون به صرفه نیست. بنابراین این تحقیق به منظور بررسی امکان تفکیک سریع گونه های این تیره و انتخاب نماینده هایی از هر گونه برای مطالعات فیلوژنتیکی و کاهش زمان و هزینه های لازم برای مطالعه کلکسیون های بزرگ انجام شد. در این تحقیق 52 جدایه متعلق به 27 گونه از 8 جنس شناسایی شده توسط مطالعات فیلوژنتیکی انتخاب و مورد بررسی قرار گرفتند. استخراج DNA ژنومی از بافت تازه قارچی رشد کرده روی محیط مایع سیب زمینی-دکستروز انجام شد. اثر انگشت ژنومی جدایه ها با استفاده از تکنیک rep-PCR و آغازگرهای REP ،ERIC و BOX تعیین شد. تجزیه و تحلیل الگوهای باندی به دست آمده با استفاده از نرم افزار NTSYS و روش UPGMA انجام شد. آنالیز خوشه ای الگوهای باندی نشان داد که از 27 گونه مورد مطالعه 23 گونه توسط هر 3 نوع آغازگر تفکیک می شوند. درحالیکه دو گونه Diplodia sp.1 و Diplodia sp.2 توسط آغازگرهای REP و BOX و Spensermartesia sp.2 و Sp.viticola نیز توسط آغازگرهای ERIC و BOX از هم تفکیک نشدند. در مجموع نتایج حاکی از امکان تفکیک تمامی گونه های مورد بررسی در این مطالعه با استفاده از هر 3 نوع آغازگر یا دو آغازگر REP و ERIC می باشد. میزان تکرارپذیری این تکنیک در تفکیک اعضای تیره Botryosphaeriaceae در این بررسی بیش از 90% برآورد شد.

گونه های متعلق به تیره بوتریوسفریاسه همه جازی بوده و روی دامنه وسیعی از گیاهان به صورت پاتوژن، ساپروفیت و اندوفیت یافت می شوند. این قارچ ها باعث پوسیدگی میوه، لکه برگی، شانکر، سرشاخه میری و حتی مرگ درختان می شوند. از جمله مهمترین جنس های این تیره می توان به Diplodia ،Lasiodiplodia ،Fusicoccum و Dothiorella اشاره کرد. تاکنون 18 جنس از این خانواده شناسایی و توصیف شده است. این مطالعه با هدف شناسایی دقیق گونه های متعلق به تیره Botryosphaeriaceae و تعیین دامنه میزبانی و پراکنش گونه های شناسایی شده در استان گلستان صورت گرفته است. در این مطالعه بر روی قارچ های تیره بوتریوسفریاسه در استان گلستان در سال 90-89 تعداد حدود 70 نمونه از میزبان های مختلف در استان گلستان جمع آوری شد. نمونه های آلوده به آزمایشگاه منتقل شدند و با مشاهده اندامهای تولیدمثل غیرجنسی (پیکنید) روی بافت های گیاهی از طریق روش تک اسپور روی محیط کشت آب – آگار (WA) تعداد 300 جدایه خالص به دست آمدند. پس از نگهداری آنها به مدت 3 تا 4 هفته زیر نور NUV و تحریک اسپورزایی جدایه ها روی محیط آب – آگار حاوی چوب صنوبر اسلایدهای مناسب میکروسکوپی تهیه و به منظور مطالعات مورفولوژیکی به وسیله میکروسکوپ بررسی شدند. بر اساس بررسی های مورفولوژیک و با استفاده از منابع و مقالات معتبر 2 گونه Diplodia seriata و D. pinea و بر اساس مشخصات مورفولوژیکی به همراه اطلاعات مولکولی بر مبنای ترادف یابی بخش ITS تعداد 7 گونه دیگر شامل گونه های Fusicoccum aesculi، Neofusicoccum parvum، Dothiorella sp.1، Dothiorella sp.3، Spencermartinsia sp.1، Sp. viticola، Lasiodiplodia gilanensis شناسایی شدند.

هدف از مطالعه ی حاضر شناسایی فون نماتدهای انگل گیاهی مزارع سیب زمینی (در حدود 12500 هکتار) در سه ناحیه ی استان کردستان بود. در این ارتباط 73 نمونه ی مرکب خاک از اطراف ریشه در عمق بین 15 تا 25 سانتیمتری به طور تصادفی از چهل و چهار روستا و حومه ی سه شهرستان قروه، دهگلان و بیجار با تناوب محصولات مختلف کشاورزی جمع آوری گردید. هر نمونه ی مرکب شامل حداقل 15 تا 20 ریزنمونه بود که از سطح نیم تا یک هکتار در زمان برداشت محصول سیب زمینی در ماه های شهریور و مهر 1389 از مزارع برداشت گردید. پس از آن ریزنمونه های هر نمونه ی مرکب خاک کاملا با هم مخلوط شده و در حدود 5/1 تا 2 کیلوگرم به عنوان نمونه ی خاک برای بررسیهای بعدی انتخاب و در دمای 4 درجه سانتیگراد تا زمان لازم نگهداری گردیدند. برای استخراج نماتدهای کرمی شکل و سیستی به ترتیب از دو روش شناورسازی سانتریفیوژی (Jenkins, 1969) و دستگاه فنویک (Fenwick, 1940) استفاده گردید. بعد از آن انبوه نماتدهای استخراج شده ی هر نمونه ثابت شده و به گلیسرین خالص و بدون آب (De Grisse, 1969) منتقل گردید که خود یک محیط دائمی مناسب برای ثابت کردن نماتدها به شمار می آید. برای تشخیص نماتدها از میکروسکوپ نوری متصل به لوله ترسیم (مدل صاایران) کالیبره شده با بزرگنمایی زیاد (1000X) استفاده شد. با استفاده از شکل شناسی، نسبت های تشخیصی تعیین شده و کلیدهای مختلف قابل دسترس اخیر و شرح نماتدها در این تحقیق 15 گونه نماتد انگل گیاهی متعلق به 6 جنس از زیرراسته Tylenchomorpha شناسایی شدند. از این میان 3 گونه برای ایران و فون نماتدهای مزارع سیب زمینی جدید بودند.

گونه های Trichoderma دارای پراکنش جهانی، خاک زی و قادر به رشد روی بقایای گیاهی هستند و غالباً در مناطق مختلف، موجودات غالب میکروفلور خاک هستند. تا کنون 29 گونه تریکودرما از ایران شناسایی شده است. در این تحقیق نمونه برداری از خاک، چوب های افتاده و سایر مواد گیاهی مناطق مختلف استان کردستان صورت گرفت و در مجموع بیش از 520 جدایه تریکودرما جمع آوری و مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس نتایج مطالعات مورفولوژیکی این جدایه ها متعلق به سه بخش Longibrachiatum، Pachybasium و Trichodermaبودند. از این میان بخش های Longibrachiatum، Pachybasium و Trichoderma به ترتیب 70، 150 و 300 جدایه را به خود اختصاص داده است. به منظور شناسایی جدایه ها در سطح گونه، نرخ رشد جدایه در محیط های کشت و دماهای مختلف، مشخصات ماکروسکوپی و مشخصات میکروسکوپی آنها از جمله شکل و اندازه کنیدیوم، کنیدیوفور، فیالید، کلامیدوسپور، ریسه های هوایی و ریسه های داخل محیط کشت مورد بررسی و مطالعه قرار گرفت. اکثر جدایه ها بر اساس خصوصیات مورفولوژیکی تا حدود زیادی تشخیص داده شدند. پس از غربال جدایه ها بر اساس مطالعات مورفولوژیکی، تعداد شش جدایه که ویژگیهای مورفولوژیکی آنها با گونه های گزارش شده متفاوت بود برای مطالعات مولکولی انتخاب شدند. نواحی ITS1، ITS2 و ژن 5.8S از DNA ریبوزومی، ژن 1 Tef و ژن Chit 42 (Chit 18-5) شش جدایه مذکور تعیین توالی گردید. در مجموع 10 گونه شناسایی شدند که چهار گونه ی T. citrinoviride ،T. longibrachiatum، saturnisporum .T و Trichoderma sp. به بخش Longibrachiatum، سه گونه ی T. arundinaceum، T. brevicompactum و T. virens به بخش Pachybasium و سه گونه ی T. asperellum، T. atroviride و harzianum .T به بخش Trichoderma تعلق داشتند. نتایج این تحقیق نشان می دهد که در استان کردستان بیشترین جدایه ها مربوط به گونه T. harzianum و سپس گونه های T. virens، T. longibrachiatum، T. saturnisporumو T. citrinoviride به ترتیب بیشترین فراوانی را داشتند. جدایه های شناسایی شده تحت عنوان Trichoderma sp. از بخش Longibrachiatum بر اساس مشاهدات مورفولوژیکی و مولکولی با هیچکدام از گونه های توصیف شده تریکودرما در منابع مطابقت نداشتند و احتمالاً نماینده آرایه ی جدیدی برای این جنس در جهان می باشد.

جنس فوزاریوم یکی از قارچهای مهم بیماریزای گیاهی متعلق به شاخه،Deuteromycota شبه رده، Deuteromycetes شبه زیررده Hyphomycetedae شبه راسته Moniliales شبه تیره Tuberculariaceae شبه جنس Fusarium میباشد که خسارت زیادی به محصولات مختلف کشاورزی از جمله گوجه-فرنگی وارد میکند. متخصصین مختلف این قارچ تاکنون از 9 تا بیش از 100 گونه و زیر گونه برای این جنس معرفی نموده اند. در سالهای اخیر براساس داده های مولکولی و مرفولوژیکی گونه های بیشتری برای این جنس معرفی شده است. طی نمونه برداری های انجام شده در سالهای 1389-1388 تعداد 96 جدایه قارچ با مشخصات جنس Fusarium از گیاهان و اندام های مختلف گیاهی خانواده گوجه فرنگی جداسازی، خالص سازی و مورد بررسی های مورفولوژیکی قرار گرفتند. بررسی های مورفولوژیکی جدایه ها روی محیط کشت PDA، SNA، CLA و WA+KCl تحت شرایط کنترل شده (دمای 25-22 درجه سانتیگراد و زیر نور NUV در شرایط نوری/ تاریکی 12:12 ساعته) انجام شدند. برای شناسایی بخش ها و گونه های این جنس از صفات مرفولوژیکی مختلفی نظیر طول و عرض کنیدی ها، شکل ماکروکنیدی ها، نحوه ی تشکیل میکروکنیدی ها استفاده شد. براساس مطالعات مرفولوژیکی هفت گونه از این جنس شاملF.equisetii ، F. solani. ، F. pseudoanthiphilum و F. oxysporum شناسایی شدند. گونه F. oxysporumقبلاً از گوجه فرنگی گزارش شده و سایر گونه ها برای اولین بار از گوجه فرنگی از ایران گزارش می شوند.گونه F.equisetii کمترین وگونه های F. solani وF. oxysporum بیشترین فراوانی را به خود اختصاص دادند. مطالعات بیماریزایی جدایه ها در شرایط گلخانه ای صورت گرفت . مرگ گیاهچه به میزان زیاد در جدایه F. oxysporum و به میزان متوسط در F. solani مشاهده شد. تجزیه تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار SAS و مقایسه میانگین ها با آزمون LSD انجام شد نتایج نشان داد که بین گونه ها از نظر بیماریزایی اختلاف معنی داری وجود دارد. در بخش دیگری از این تحقیق برای تعیین دامنه میزبانی F. oxysporum هفت گیاه انتخاب شد. در بین این هفت گیاه تنها گیاه گوجه فرنگی و تاج خروس علائم بیماری را نشان دادند. برای تعیین دامنه میزبانی F. solani سه گیاه انتخاب شد و هر سه گیاه علائم بیماری را نشان دادند.